קיומו של עם ישראל במדבר העמים אינו דבר המובן מאליו, עם כל החשיבות של הדגל, ההמנון ואפילו המדינה, אין בכל אלו בלבד להבטיח את המשך קיומו הפלאי של העם היהודי עלי אדמות, כבר עכשיו אנו מבחינים לצערנו בחברה הישראלית העכשווית בסדקים המערערים את החוסן הלאומי, כמו הקולות שנשמעים בזכות "מדינת כל אזרחיה" ודיבורים על שינוי ההמנון או העלאת חשיבה חדשה לגבי שאר הסממנים החיצוניים המייחדים אותנו משאר העמים.

אמנם קיומו הנצחי של עם ישראל מובטח בהבטחה אלוקית, כמו: "כי לא יטוש ה' עמו" ו"נצח ישראל לא ישקר", אבל ההבטחה הזו אינה פועלת באפס מעשה, את הפסוק: "הן עם לבדד ישכון ובגויים לא יתחשב" מסביר הנצי"ב בפירושו "העמק דבר": שעם ישראל אינו דומה לשאר העמים הגולים מארצם, שלאחר שבאו לארץ זרה, שאר העמים אם הם מתערבים עם העם שגלו לארצו, הם מנסים להיות דומים לו עד כדי התבוללות, כי הדבר הזה יוצר אהבה וחשיבות מצד המקומיים, יותר מאשר אם היו ממשיכים להיבדל מהם ולהבליט את השוני שביניהם.

מה שאין כן עם ישראל, אצלו הדבר הפוך, דווקא כשהוא לבדד, שאינו מתערב עם גויי הארץ, אז ישכון במנוחה וכבוד, וראו כל עמי הארץ כי שם ה' נקרא עליו ואין איש מתחרה עמו, אבל כאשר עם ישראל מנסה להתערב בגויים ולהיות כאחד מהם, אז "לא יתחשב", שאינו נחשב בעיניהם, ואינם מחשיבים אותו אפילו כאדם.

לפי הנצי"ב יש שני דרכים להישרדותו של עם ישראל, האחת קלה והאחת קשה, הדרך הקלה היא כאשר עם ישראל מעצמו מקפיד על שמירת יחודו, כאשר הוא נאמן לאמונתו ותורתו, ובעזרת מצוות התורה הוא "עם לבדד", שאינו מתחבר ואינו מתבולל עם האומות הסובבות אותו, ואז אין צורך להשתמש באמצעי אחר כדי לשמור על קיומו, ועל כן "ישכון" בתוך העמים שהוא חי בקרבם בבטחה והערכה. והדרך הקשה לשימורו של עם ישראל הוא כאשר עם ישראל ינסה להתבולל "בגויים", להשתוות להם ולהיות דומה להם, דבר המסכן את עתיד קיומו של העם, כי אז מעוררת ההשגחה העליונה אצל העמים אנטישמיות, שנאה ואי התחשבות ("לא יתחשב"), שכל אלו מאלצים אותנו בדרך הקשה להמשיך בעל כורחנו להיות יהודים.

וראיה לדבריו מביא הנצי"ב משני מקומות: האחד קדום עוד בהיות ישראל במצרים כמו שמובא במדרש (תנחומא שמות ה): "כשמת יוסף הפרו ישראל ברית מילה, אמרו נהיה כמצרים, כיון שראה (הקב"ה) כן הפך הקב"ה את האהבה שהיה (העם המצרי) אוהב אותם שנאמר: (תהלים קה כה): 'הפך לבם לשנוא עמו להתנכל בעבדיו'".

ומסביר הנצי"ב שכל עוד היו ישראל נבדלים מהמצרים, היו המצרים מחשיבים אותם, אבל מרגע שנמנעו מלמול את בניהם ואמרו נהיה כמצרים, מה עשה הקב"ה? הפך לבם של המצרים לשנוא את עמו. והמקרה השני בחורבן הבית הראשון כמו שמובא בגמרא (סנהדרין קד א): "אני אמרתי 'וישכון ישראל בטח בדד עין יעקב' ועכשיו 'איכה ישבה בדד'", שהקב"ה היה רוצה שישראל יהיו בדד ולא יתערבו עם אומות העולם, ואז יהיו בטח, בטוחים בקיומם, אבל תשוקת ישראל היתה אחרת, הם רצו להתחבר עם אומות העולם, אבל התוצאה היתה הפוכה, שההשגחה העליונה בודדה אותם ע"י שאין אומה מחשיבה אותם להתחבר עמהם, ועל זה מקונן הנביא: "איכה ישבה בדד". 

הראי"ה בספרו מדבר שור (עמ' רו) מסביר מדוע התורה אינה מדברת את דבריה בדברים המתקבלים על השכל האנושי המצוי. שאילו התורה היתה מתאימה את דבריה בגובה השכל והטבע האנושי, כי אז היו העמים מתחברים עם ישראל והדבר היה מביא להתבוללות וישראל היה בטל מן העולם, לכן נצטוו ישראל בחוקים ומשפטים הגבוהים מרוח בינת האדם, מה שיוצר חיץ בין ישראל לעמים. ומאפשר להם להתבצר בעולמם היהודי וממנו להאיר את האור על כל עמי הארץ.