בהוצאתם של עלוני השבת נוצרו שלוש בעיות מרכזיות: הראשונה שבהן היא פרסום מודעות שאסור לקרוא אותם בשבת, שהרי ישנם דברים שהם אסורים בשבת וביו"ט אף-על-פי שאינם דומים למלאכה וגם אינם מביאים למלאכה, ובכל זאת נאסרו משום שנאמר "וקראת לשבת עונג... וכבדתו מעשות דרכיך ממצוא חפציך ודבר דבר" (ישעיהו נח). דברים אלו נקראים דברי קבלה, ומצאנו שהחמירו בהם כדברי תורה. מהמילים "ממצוא חפצך" למדו שאסור לקרוא בשבת במודעות שבהן מתפרסמות הצעות קניה ומכירה, הצעות עבודה וכו'.

במרבית העלונים מתפרסמות בין דברי התורה מודעות כאלה כשהן מעוצבות בעיצוב המושך את העין, כך שאי אפשר להתעלם מהם, ולעיתים יש הרגשה שהמניע להוצאת העלון הוא מניע כלכלי, ולכן הפרסום מהווה נתח מרכזי מנפח העלון ודברי התורה משמשים ככיסוי הלכתי להתיר כניסתם לבית הכנסת.

בעיה שניה היא היסח הדעת בזמן התפילה. ישנם בתי כנסת שבהם העלונים נמצאים לחלוקה לפני התפילה ולעיתים העיצוב היפה של העלון מושך את עין המתפלל יותר מהסידור, ובלי משים, לב המתפלל יכול למצוא את עצמו שקוע בזמן התפילה בחיפוש אחרי מלון לחג הפסח או במקרה הטוב בעיון במאמר הלכתי מעניין.

הבעיה השלישית היא בעיית הגניזה. ריבוי העלונים יצר בעיה גדולה של גניזה, מתקני הגניזה בבתי הכנסת כבר לא עומדים בעומס הדפים המצטברים בליל שבת וגם בבית לא תמיד ניתן להתנהג עם עלוני השבת בכבוד ההלכתי הראוי ולהביאם לגניזה.

העולה מכאן הוא שלפי ריבוי העלונים הקיימים ואלה המתחדשים מידי שבת נראה ששכרם של המוציאים לאור רב, אבל הפסדם של הקוראים גדול יותר. מכיוון שהעלונים הפכו להיות חלק ממציאות חיינו שאי-אפשר לבטלה, ראוי לחבר תו תקן הלכתי למודעות שיש היתר לפרסמם בעלוני השבת. והמלצה לגבאי בתי הכנסת: לחלק את העלונים רק בסוף התפילה. "ולמזהיר ולנזהר שלומים תן כמי נהר".