אחד מראשי הרבנות הצבאית הראשית, קצין בדרגת סגן-אלוף, הורה במכתב לְרבנים בצה"ל שלא להתערב בסוגיית הסרבנות למלא פקודות והסביר "המשכיל בעת ההיא יידום". כך גילה הפרופסור ידידיה שטרן, סגן נשיא המכון הישראלי לדמוקרטיה, בקול ישראל.
הוא סיפר כי המסמך התגלגל לידיו בימים האחרונים וכי הוא תמה על שהרבנות הצבאית מעדיפה לשתוק ולא לחוות דעה בסוגייה כה בסיסית כמו חובת הציות לִפקודות. הפרופסור שטרן ציין עם זה כי הוא יודע שהרב הצבאי הראשי סבור שחובה לציית לפקודות מן הסוג שהרב מלמד קרא לסרב למלא.