בארבע לפנות בוקר הגיעו כוחות גדולים של צבא ומשטרה והרסו את בית הכנסת בנחליאל.

ועד מתיישבי בנימין מסר, כי הפעולה נעשתה "כגנבים בלילה וכבר היום בית הכנסת ייבנה מחדש".