שר הביטחון, אהוד ברק, מגנה בחריפות את הרצח של בן יוסף לבנת ופציעתם של תלמידי הישיבה הבוקר סמוך לקבר יוסף בשכם.
ברק הנחה את צה"ל לבדוק את ההתרחשויות ודורש מהרשות הפלסטינית לחקור את האירוע במהירות ולנקוט בכל הצעדים הנדרשים מול מבצע הירי. לדבריו, "אף תקלת תיאום אינה יכולה להצדיק אירוע מסוג זה וירי על חפים מפשע".