במשרד הביטחון מסרו בתגובה לטענות על עיכוב תקציב ישיבות ההסדר "משרד הביטחון דוחה את הטענות לפיהן הוא מחזיק סכומים כלשהם כבני ערובה או קלף מיקוח לקבלת כל סכום שהוא. אנו רואים חשיבות רבה במפעל ישיבות ההסדר ואין בכוונתו לפגוע בהן".
"יחד עם זאת, משרד הביטחון דורש ממשרדי האוצר והחינוך לעמוד בהסכם שנחתם, ושלפיו יועברו האחריות ותקציב ישיבות ההסדר לבסיס תקציב משרד החינוך", נמסר.