שר הביטחון, אהוד ברק, הגיב בשיחות סגורות לעניין פרשת הסמח"ט, סא"ל שלום אייזנר, ואמר כי "אין סתירה בין ביצוע משימות להתנהגות הולמת לבין שמירה על ערכי צה"ל ורוחו".
לדברי ברק, "האמירות המופרכות שנשמעו ביממה האחרונה, כאילו ההתנהגות החמורה והחריגה שלקה בה קצין יחיד נובעת מכורח מבצעי או מעיקרון הדבקות במשימה, לא מקובלת עלי ולא הייתה מקובלת מעולם בצה"ל".