יו"ר הבית היהודי, שר המדע והטכנולוגיה, הרב פרופ' דניאל הרשקוביץ הגיב להדחת סמח"ט הבקעה ואמר כי "סא"ל אייזנר טעה, אך אני מקווה שימשיך לשרת בצה"ל".
"צה"ל זקוק למפקדים מסורים ועתירי זכויות כאייזנר, גם אם כשלו פעם אחת בסיטואציה קשה ומורכבת. יש לקוות שאייזנר יבחר לשאת בעונש הקשה ולא ייתן לשונאי ישראל את התענוג לראות אותו נזרק מצה"ל," הוסיף.