בתנועת נאמני תורה ועבודה אומרים בתגובה לדו"ח המבקר, כי "תנועת נאמני תורה ועבודה ריכזה תלונות רבות ופנתה לראשי החינוך הדתי בטענה כי במקומות רבים קיימת מדיניות אשר מעדיפה קידום תפיסות חרדיות-לאומיות בתוך בתי הספר היסודיים. הדבר התבטא בין היתר בתלונות על הפחתת שעות לימודי חול לטובת לימודי קודש, בעידוד הפרדת כיתות החל מגילאים נמוכים ביותר, בהכנסת "מלמדים" באופן שאינו מוסדר ובהתעלמות מתשלומי הורים או סינונים אשר יוצרים הדרה חברתית".
"דו"ח מבקר המדינה המתפרסם היום נותן ביטוי לכל אלה וקובע באופן ברור שיש צורך בגיבוש מדיניות סדורה אשר תמנע את הבעיות שנוצרו. מצער לדעת שישנם גורמים שהשמשו בסמכותם ע"מ לקדם את תפיסתם האישית על חשבון ערכי החמ"ד המקוריים אשר דגלו בתפיסת תורה עם דרך ארץ. הדבר מוכיח עד כמה יש חשיבות לערנות ולמעקב מצד ההורים איתם פעלנו. אנו סמוכים ובטוחים כי הנהלת החמ"ד הנוכחית תדע לתקן את הליקויים ואת השלכותיהם", מוסיפים בתנועה.