לאחר קבלת דיווח על השחתת בית הכנסת העתיק בנערן, הגיעו כוחות צה"ל למקום, אימתו אותו ובעקבות כך העבירו גורמי המנהל האזרחי תלונה בנושא לגורמים הפלס' הרלוונטיים.
כוחות צה"ל פועלים על מנת לאתר את המשחיתים ולמנוע הישנות אירועים מסוג זה בעתיד, נאמר בהודעת צה"ל.