המערכת המשפטית במצרים סוערת בעקבות הצווים עליהם חתם הנשיא המצרי, צווים הפוגעים בעצמאות הרשות השופטת במצרים.
בכירי מועצת המשפט העליונה במצרים גינו את צעדיו של הנשיא מורסי: "הצווים עליהם חתם הנשיא אשר פוגעות בעצמאות מערכת המשפט המצרית הם התקפה על הרשות השופטת וביזוי מערכת המשפט המכובדת של מצרים".
חברי מועצת המשפט קראו לנשיא מורסי לחזור בו מהצווים שהוציא.