הרמטכ"ל לשעבר, רב-אלוף (מיל') גבי אשכנזי, התייחס לפתיחת חקירה מצומצמת על התנהלותו בפרשת הרפז ואמר כי "ברגע שהחליטו לחקור רק אותי ואת ארז וינר מדובר בחקירת מוטה, לא מאוזנת ולא הגיונית".

אשכנזי ציין כי הוא דורש שתתקיים חקירה גם בנוגע לממצאים החמורים בדו"ח מבקר המדינה ביחס לשר הביטחון, אהוד ברק, ולשכתו.