בית המשפט העליון בשבתו כבג"ץ חייב את המדינה לתקן את כלל פירסומי המאגר ולכלול בתוכם אזהרה לציבור, המודיעה כי הכניסה למאגר הינה התנדבותית, בתקופת ניסוי וכי זכויותיו של אדם לא ישללו בשל סירוב להצטרפות למאגר הביומטרי.
פרופ' קרין נהון, מהעותרים לבג"ץ, אמרה כי: "ביהמ"ש הוכיח שהוא אינו קונה את ההטעיות של משרד הפנים, בכל הקשור בניסוי המאגר הביומטרי, האדם הסביר שהולך ללשכת האוכלוסין ומוציא תעודת זהות לא אמור להכיר את כל הסכנות והכשלים בניסוי. מן הראוי, במצב שהמדינה אפילו לא החליטה אם להקים מאגר ביומטרי או לא, שהאזרחים ילכו בעיניים פקוחות ולא יוטעו להיכנס למאגר הביומטרי: