חברת רפאל התייחסה לדו"ח מבקר המדינה לפיו החברה זיהמה את מי התהום.
"במרוצת השנים ובמסגרת בדיקות שנערכו, עלה חשד למספר מוקדי זיהום נקודתיים שמיד עם מציאתם התחילה החברה בסדרת פעילויות מרוכזות לטיפול והסדרת הנושא, תוך יידוע ומעורבות הרשויות הרלבנטיות. חשוב לציין כי על פי מיטב ידיעתנו, אין בממצאים המפורסמים בכדי להוות סיכון לעובדי החברה או לציבור הרחב".
"חברת רפאל מבקשת להדגיש כי נושא טיפוח, שמירה והגנה על הסביבה, מהווה חלק מהותי ובלתי נפרד ממדיניות החברה ומפעילותה, וכפועל יוצא מזה היא משקיעה משאבים רבים בקידומו, תוך למידה ועמידה גם בתקנים בינלאומיים. רפאל תמשיך לעשות כל שנדרש לעמוד בדרישות המתבקשות על ידי הרשויות והגופים המוסמכים לכך".