המפכ"ל רנ"צ יוחנן דנינו התייחס להצתת הכנסייה בכפר נחום ואמר "רואה בחומרה רבה התרחשות אירוע מסוג זה וכל ניסיון לפגוע במקום מקודש, לא ניתן לגורמים קיצוניים לפגוע במרקם הרגיש של הדו קיום והסובלנות הקיימים במדינת ישראל ונעשה הכל כדי להגיע ולזהות המבצעים ולהביאם לדין".
המפכ"ל הטיל את החקירה על יחידת הפשיעה הלאומנית במחוז ש"י.