במערכת הביטחון מודאגים ממאמצי "הוועדות העממיות" להעתיק פעילותם מהרצועה ליו"ש. "ועדות ההתנגדות העממית" הן ארגון טרור הפועל ברצועת עזה, שהוקם ברצועה בתחילת העימות בספטמבר 2000, ע"י פורשי פת"ח ופעילים לשעבר ממנגנוני הביטחון הפלשתינים. בנוסף לכך חברים
בארגון גם אנשי חמאס לשעבר, וכן מחבלים שמקורם בג'יהאד האיסלמי ובחזית העממית.

כתבנו חגי הוברמן מזכיר כי לאחר הקמת "ועדות ההתנגדות העממית" החל הארגון לבצע פיגועים נגד ישראל, אשר הלכו והתרבו, הודות לסיוע הרב שהועבר ל"ועדות". במהלך העימות הפכו בהדרגה "ועדות התנגדות העממית" (הזרוע המבצעית שלהם נקראת "חטיבות צלאח אלדין") לגורם מרכזי ברצועה בביצוע פיגועים קטלניים נגד צה"ל ונגד יעדים אזרחיים.

בתקופת ה"הרגעה" העמיקו "ועדות ההתנגדות העממית" את שיתוף הפעולה שלהם עם החמאס . הארגון הפך בתקופה זאת למעין זרוע מבצעית חסויה של החמאס, המבצעת מטעמו פעולות טרור מבלי שהחמאס (הממשיך לשלם מס שפתיים ל"הרגעה") יהיה מזוהה עמן.

הדברים הוכחו ממעצר חוליית המחבלים הבכירים מ"ועדות ההתנגדות העממית", שנעצרה לפני כחודש בדרכה מרצועת עזה לג'נין דרך סיני, התכוונה להקים ביו"ש תשתית מבצעית שתכלול מערך לייצור אמצעי לחימה, שעיקרו רקטות ופצצות מרגמה.
ב-5 באוקטובר נעצרה סמוך למצפה רמון חוליה של שלושה מחבלים בכירים מארגון "ועדות ההתנגדות העממית". החוליה שוגרה על ידי "ועדות ההתנגדות העממית". האירגון הוקם ברצועה בתחילת העימות הנוכחי ומילא במהלכו תפקיד מרכזי בבצוע פגועים קטלניים נגד יעדים ישראלים. עם כניסתם לישראל נעצרו אנשי החוליה וכוונתם להגיע לג'נין סוכלה.

החוליה שנעצרה שוגרה על ידי ג'מאל אבו סמהדנא ואלעבד קוקא, שני בכירי הארגון, המופעלים כיום על ידי החמאס , ומסתייעים במימון ובהדרכה של החזיבאללה.

שיגור החוליה מהרצועה ליו"ש והרכבה של החוליה, שכללה מחבלים בכירים המתמחים בייצור חומרי נפץ וטילים, מעידים על מגמה של "ועדות ההתנגדות העממית" וארגוני טרור נוספים להעתיק את מוקד הטרור נגד ישראל מהרצועה ליו"ש בתקופה שלאחר ההינתקות. דגש מיוחד שמים ארגוני הטרור על העברת ידע טכני ליו"ש, שיקנה למחבלים הפועלים שם יכולת ירי רקטות ומרגמות לעבר ישובים ישראלים. זאת במסגרת תפיסה הרואה בירי ה"קסאמים" נשק מוביל בשלב הנוכחי של העימות.

המחבלים העצורים מסרו כי ייצור הרקטות ביו"ש אמור היה להתבצע בשיטת הלחמה (הניתנת לביצוע בצורה פשוטה ומהירה יחסית), לנוכח הקושי להקים תשתית של מחרטות בגדה בשל הנגישות וחופש הפעולה שיש לצה"ל (בשונה מהרצועה).
ברשות "ועדות ההתנגדות העממית" מצויים אמצעי לחימה מגוונים הכוללים, בין השאר, רקטות, חומרי נפץ תקניים ומאולתרים, פצצות מרגמה, מוקשים ורקטות נ.ט. את אמצעי הלחימה המגוונים הללו
משיגים חברי "הוועדות" באמצעות הברחות (עפ"י רוב דרך מנהרות רפיח שעל גבול ישראל-מצרים) וכן באמצעות רכש מסוחרי נשק ברצועת עזה ובאמצעות ייצור עצמי.
האירגון פועל כאמור ברצועת עזה, הגם שבמהלך העימות הוא ניסה להעתיק פעילותו גם ליהודה ושומרון. אכרם סלאמה עטאיא סעיד מהרצועה, חבר הארגון, נשלח בינואר 2002 ע"י ג'מאל אבו
סמהדאנה על מנת לפעול ביהודה ושומרון ולבצע שם פיגועי ירי נגד חיילים ואזרחים. הוא הצליח להסתנן דרך אזור הגדר בכיסופים, עבר ללוד ומשם הגיע לראמאללה. הוא נעצר ב-25 בפברואר 2002, הורשע במשפטו ונדון ל-24 שנות מאסר.
"ועדות ההתנגדות העממית" הם אלו אשר עמדו ככל הנראה מאחורי הפעלת מטען נגד השיירה האמריקאית בבית חאנון שבצפון הרצועה (15 באוקטובר 2003). בפיגוע נהרגו שלושה מאבטחים
אמריקאים בעת שליוו את נספח התרבות האמריקאי. "הרשות הפלשתינית" נמנעה עד עצם היום הזה מלמצות את החקירה בנושא.