שרת החינוך לשעבר מטעם מפלגת "מרצ" מציעה הסבר אפשרי ליציאתו הבהולה של חבר הכנסת עזמי בשארה לחו"ל. בראיון לאתר "אלמשהד" ב- 6 באפריל 2007 אמרה אלוני על חה"כ בשארה "להיזהר", כיוון ש"לא קיים אדם שלא ניתן לתפור לו תיק" ע"י השב"כ. את בשארה היא כינתה בהקשר זה כ"עצם בגרונו של הממסד הישראלי".



נאמנה לדרכה המשיכה השרה לשעבר למתוח ביקורת על מדיניות ממשלות ישראל כלפי המיעוט הערבי. היא האשימה "גורמים בממסד הישראלי" בכוונה לגרש את ערביי ישראל לשטחי הרשות הפלשתינית וקבעה, כי "אנו הפכנו לגזענים", שכן בתוך ממשלת ישראל יש שתי מפלגות התומכות בגרוש ערבים.



אלוני הביעה הזדהות עם המאבק הפלשתיני באומרה, כי אילו היית הפלשתינית הייתה מורדת במציאות הקיימת, בה ישראל גוזלת את אדמות הערבים ואת זכויותיהם. בעניין זה ציינה אלוני, כי האפליה קיימת גם ביחס המדינה כלפי הדרוזים למרות שבניהם משרתים בצה"ל. היא האשימה את הממסד הישראלי בהפחדה מכוונת של האזרחים בישראל מפני האיום הדמוגראפי על מנת לתת לגיטימציה לטרנספר, וטענה במשטר דמוקרטי אמיתי היו השר ליברמן וחבר הכנסת בני אלון בכלא.