הרב הראשי לישראל, הרב יונה מצגר, דרש בבית הכנסת ישורון בירושלים במהלך חג השבועות וקרא לשחרר את יונתן פולארד, "אנו עומדים להתפלל על נשמות הנפטרים אך לבל נשכח כי ישנם גם יהודים שחייהם אינם חיים. אחד מהם הוא אחינו יהונתן פולארד הנמק בין כותלי הכלא בארה"ב ומצפה שנים לשחרורו" אמר הרב הראשי לישראל.



בהמשך דבריו אמר הרב מצגר כי חטאו הגדול של פולארד היה העברת מידע למדינה ידידותית, "מעשהו של פולארד היה מעשה ידידותי מתבקש שנועד להגן על ישראל ידידתה של ארה"ב".



את הנושא העלה הרב מצגר בעקבות התבטאותו והתנצלותו של שגריר ארה"ב בישראל ריצרד ג'ונס ולפיהם פולארד לא הוצא להורג למרות שבגד במולדתו כיוון שזכה במידת הרחמים. "אם מדברים על מידת הרחמים אז ראוי שארה"ב תרחם על היהודי האומלל הזה ועל משפחתו, ותשחרר אותו לאלתר".



הרב סיפר כי לפני למעלה משנה שיגרו הוא והראשון לציון הגר"ש עמאר איגרת לנשיא ארה"ב ג'ורג' בוש ושעליה חתמו הרבנים הראשיים לישראל לשעבר בבקשה כי יחוס על פולארד.



עוד סיפר הרב הראשי לישראל כי הוא זכה להיות הרב הראשי היחיד שבמהלך כהונתו ביקר את פולארד בכלאו במפגש שארך כ-4 שעות. "פולארד אמר לי כי כיום אין בידו כלל סודות העלולים לפגוע בביטחונה של ארה"ב". פולארד סיפר לגר"י מצגר כי תנאי כליאתו קשים והם נועדו "לשבור אותו" כדבריו.