העימות בין הרשות הפלשתינית בראשות אבו מאזן לבין החמאס הולך ומסלים על רקע העיסוק בשאלת ההכרה בישראל כמדינה יהודית וההתחייבות הפלשתינית לפעול לפרוק ארגוני הטרור. בהודעה שפרסמה (18 בנובמבר 2007) קוראת תנועת החמאס לרשות הפלשתינית להתרחק מ"הנשק של ההתנגדות ומהלוחמים" תוך שהיא מזהירה, כי "השתיקה של פעילי ההתנגדות על פשעי מנגנוני הביטחון נגדם לא יארך זמן רב".



יו"ר הרשות הפלשתינית, אבו מאזן, מאשימה תנועת החמאס, נושא באחריות המלאה על "פשעי מנגנוני הביטחון... ורדיפת פעילי ההתנגדות המבוקשים ע"י ובכללם פעילי החמאס". לטענת החמאס, פעילות הרשות הפלשתינית סייעה לחשוף התארגנויות חשאיות של התנועה ולהביא למעצר של פעילים רבים. בהודעתה מדגישה תנועת החמאס, כי "ההתנגדות לכיבוש היא זכות לגיטימית המוקנית ע"י החוק והנוהג הבינלאומי, ואין סמכות לנשיא או לשר כלשהו לעקור מהעם הפלשתיני את הזכות להתנגדות, את הלגיטימציה להתנגדות ולנשק שלה". במסר מאיים ישיר לרשות הפלשתינית, קוראת תנועת החמאס ל"פעילי ההתנגדות" להיות נכונים להגן על עצמם ולנהוג כלפי אלה הרוצים ליטול את נשקם "כפי שנוהגים באויב".



ובתוך כך, "אגודת חכמי הדת של פלשתין" המזוהה עם תנועת החמאס תוקפת את הדרישה הישראלית להכיר בישראל כמדינה יהודית". יו"ר האגודה ברצועת עזה, מרוואן אבו ראס, קרא לפרסם "פתווה" (פסק הלכה) שתאסור באופן חד משמעי את ההכרה בזכות הקיום של "מדינת הכיבוש" וויתור על זכות שיבת הפליטים הפלשתינים. אבו ראס הדגיש, כי ההכרה בישראל מנוגדת לאסלאם ומי שיעשה כן הינו כופר ומוציא עצמו מכלל אומת המוסלמים.