שנים מנסה האקדמיה להתעלם ממנו, להגדיר אותו כסהרורי ולמזער את קומתו האקדמית. הוא סולק ממוסדות אקדמיים, הרצאותיו בקורסי פו"מ בצה"ל הופסקו, וכעת, לאחר שנים ארוכות של הוראה אקדמית ועשרות מחקרים הוא מוצא את עצמו בדירוג האקדמי הנמוך ביותר. למרות כל אלה, ולמרות מה שהוא מגדיר כ"אלימות אקדמית" שהתנכלה אליו, ביום ראשון הקרוב יזכה ספרו של ד"ר אורי מילשטיין, 'עלילת דם בדיר יאסין', בפרס ז'בוטינסקי. בטקס ינאם ראש הממשלה לשעבר ויו"ר האופוזיציה, בנימין נתניהו.
ספרו של מילשטיין פורך את הטענה שהתקבעה במרוצת השנים בתודעה הפלשתינית ולפיה טבחו לוחמי אצ"ל ולח"י בתושבי הכפר דיר יאסין. בשל האשמה זו נרדפו והוקעו אנשי הארגונים ומאוחר יותר אנשי הימין כלאומנים תאבי דם ערבי.
לטעמו של מילשטיין מדובר בפרשה שלא הסתיימה אז, בשנת 48' אלא מדובר בפרשה שהשלכותיה על יחסי היהודים והערבים בארץ ישראל מוליכים עד לימינו אלה. "פרשת דיר-יאסין איננה רק פרשה היסטורית, אלא פרשה עכשווית מאוד, שתעסיק אותנו בכל עתיד נראה לעין. היא מבהירה למשל מדוע דחה ראש הרשות הפלשתינאית, יאסר ערפאת, בשנת 2000, את הצעתו של ראש ממשלת ישראל, אהוד ברק, להקים מדינה פלשתינאית כמעט על כל שטחי יהודה, שומרון ורצועת עזה. היא מבהירה מדוע ממשלת החמאס היום דוחה כל פשרה. השלמה עם "רוצחי" דיר-יאסין אינה באה בחשבון שהרי השלמה איתם תהיה בבחינת 'הרצחת וגם ירשת' ".
לדבריו "פרשת דיר-יאסין איננה רק מיתוס מכונן של הפלשתינאים אלא גם מיתוס מכונן של השמאל הישראלי החדש, המערער על הצידוק להקמתה ולהמשך קיומה של מדינת ישראל כמדינת לאום יהודית, ופועל גם להחזיר לפלשתינים את זכויותיהם "שנגזלו על ידי היהודים" וגם להפוך את ישראל למדינת כל תושביה". הוא מציין כי "ראש "אסכולת טלביה" והאב המייסד של השמאל האנטי-ציוני הישראלי, איש האוניברסיטה העברית בירושלים, פרופ' מרטין בובר, רתם את הטבח שלא היה בדיר-יאסין למאבקו ב"פשעים" שביצעו הציונים במלחמת העצמאות. יחד עם חברו להשקפה, איש אותה אוניברסיטה, פרופ' עקיבא ארנסט סימון, ואישים נוספים מאותה אסכולה, הוא שלח עוד ב-1949 מחאה לבן גוריון נגד מגורים של עולים חדשים בדיר-יאסין, וכתב "עניין דיר-יאסין הוא כתם שחור על כבודה של האומה העברית... מוטב להשאיר לעת עתה את אדמת דיר-יאסין בלתי מעובדת ומוטב להניח את בתי דיר-יאסין בלתי מיושבים, מאשר לחולל פעולה אשר חשיבותה הסמלית השלילית עולה לאין ערוך על תועלתה המעשית".
מילשטיין מציין כי "בשנת 2002 הורו שלטונות צה"ל להפסיק את הרצאותיו של אחד מלוחמי הקרב בדיר-יאסין, איש לח"י לשעבר - שנהג להרצות, במשך שנים, על נושא זה לפני חיילי צה"ל - משום שהכחיש את עניין הטבח. צה"ל נקט צעד חריף זה בעקבות תלונתה של חברת הכנסת נעמי חזן, פרופ' למדע המדינה באוניברסיטה העברית בירושלים".
בספרו, הזוכה כאמור כעת בפרס ז'בוטינסקי, פורך ד"ר מילשטיין סדרת תובנות שהפכו לחלק מסדר יומו ההסטורי של השמאל הישראלי. בדברי הקדמה לתוכן ספרו ריכז את העקרונות עימם הוא מתמודד בין דפי הספר:
א. הכפר דיר-יאסין, שנמצא ממערב לירושלים, סמוך לשכונת גבעת-שאול, היה כפר שקט. לתושביו היתה ברית אי-התקפה עם אנשי שכונת גבעת-שאול. תושביו לא פעלו נגד היהודים במלחמת העצמאות ולא סיכנו אותם בשום צורה שהיא. לפיכך, לא היתה ליהודים שום עילה לתקוף את הכפר ולגרש ממנו את תושביו.
ב. אנשי האצ"ל ולח"י תקפו את הכפר ללא אישור המוסדות המוסמכים של היישוב היהודי, ובניגוד לאינטרס הצבאי של היהודים באותו זמן.
ג. במהלך הקרב רצחו אנשי האצ"ל ולח"י נשים, ילדים וזקנים, שלא סיכנו אותם בשום צורה שהיא.
ד. אחרי הקרב הובילו הכובשים את התושבים שנותרו למחצבה שבין הכפר לירושלים ושם טבחו רבים מהם.
ה. בסך הכול טבחו אנשי האצ"ל ולח"י 254 תושבים.
בספרו קובע ד"ר מילשטיין כי "רוב הדברים שהתפרסמו על פרשת דיר-יאסין, אינם מבוססים ורובם אף שקריים. הטיעון העיקרי שלנו הוא שמנהיג היישוב, יו"ר הנהלת הסוכנות ומחזיק תיק הביטחון בה, דוד בן גוריון, ידע על ההתקפה המתוכננת של האצ"ל ולח"י על דיר-יאסין, אישר אותה, וקיבל דיווח מפורט על כל האירועים, גם ממפקד מחוז ירושלים, נאמנו, דוד שאלתיאל, וגם מסוכן סמוי של "ההגנה" בלח"י, שהשתתף בקרב, שמעון מוניטה. הוא גם ידע שבדיר-יאסין לא היה טבח ולמרות זאת שתק בפומבי, גם ב-1948 וגם לאחר מכן, עד מותו. אבל, לעומת זאת, הוא אישר שידע את האמת על פרשת דיר-יאסין בפגישה עם הסוכן שמעון מוניטה, בתחילת שנות החמישים".
האשמותיו של מילשטיין כלפי ראשי הפלמ"ח כמי שהמציאו את העלילה כדי להכפיש את אנשי האצ"ל והלח"י מתמקדת אמנם בבן גוריון שלטענת מילשטיין "הצליחו עם חבריו להונות את כל העולם", בפרשה, אלא פונות ל"גיבורו" האמיתי של עלילת "טבח דיר-יאסין" שהוא לטענת מילשטיין "אלוף משנה, חבר כנסת לשעבר, מחנך מצביאי צה"ל, ד"ר מאיר פעיל. הוא המקור העיקרי לסיפור הטבח. פעיל פיקד בפרוץ מלחמת העצמאות על יחידת סזון מיוחדת של ארגון "ההגנה", שלחמה באצ"ל ובלח"י. יחידה זאת היתה חלק מיחידה ארצית, פוליטית באופייה, שמפקדהּ אז היה חבר קיבוץ בית אלפא של השומר הצעיר, דוד כהן, ואחד מתפקידיה היה לנהל לוחמה פסיכולוגית ולהפיץ דיסאינפורמציה על האצ"ל ולח"י. פעיל הועבר מתפקידו זמן קצר לפני שהאצ"ל ולח"י תקפו את דיר-יאסין ומונה למפקד המשטרה הצבאית בירושלים. מאחר וביקש להמשיך ולפקד על יחידת הסזון ולהתחמק מפיקוד על המשטרה הצבאית, סביר להניח שהוא חיזק את בקשתו ע"י פברוק מעשה "טבח איום ונורא" של "הפורשים". אחרי המלחמה הוא הפך ליחצ"ן של הפלמ"ח ומחנך לערכי השמאל, והתיימר להיות היסטוריון צבאי. חבריו בפלמ"ח, שהשתלטו על צה"ל ואחר כך על המדינה, סייעו לו להשיג את מטרותיו האישיות שתאמו את מטרותיהם שלהם. לפיכך, טיפוח הנרטיב של הטבח בדיר-יאסין תאם גם את מטרותיו האישיות, וגם שרת את יוצאי הפלמ"ח, את מפלגות מפא"י ומפ"ם, ואת השמאל בישראל", לדברי מילשטיין.
באשר לערבים שאכן נהרגו בדיר יאסין קובע מילשטין כי היו פיגועים שיצאו מכפר דיר-יאסין והכפר שימש בסיס ליחידות חצי סדירות שפעלו נגד ירושלים העברית. לכן לא היה הבדל בין דיר-יאסין לבין כפרים אחרים שהותקפו ונחרבו בערך באותו זמן, ותושביהם גורשו על-ידי ארגון "ההגנה" וצה"ל בגזרת ירושלים: קסטל, קולוניה, סריס ובית מחסיר, כמו גם כפרים אחרים ברחבי הארץ. לדבריו "חיסול הכפר דיר-יאסין נכלל בפקודת מבצע נחשון (1 באפריל 1948) של אגף המבצעים של "ההגנה". שכן פקודה זאת קבעה כי יש לחסל את כל הכפרים החולשים על הדרך לירושלים. ההתקפה על דיר-יאסין תואמה עם מפקדת "ההגנה" בירושלים במסגרת "מבצע נחשון", שנועד להבטיח את התחבורה העברית לירושלים. בפקודת המבצע של "נחשון" נקבע שכוחות "ההגנה" יהרסו כפרים ערביים הסמוכים לכביש לירושלים, המאיימים על התחבורה העברית לעיר. תושבי הכפרים יגורשו בכוח. בזמן המבצע אירעו בכפרים הערביים התרחשויות דומות להתרחשויות שאירעו בדיר-יאסין. בכיבוש הכפר השתתפה יחידת פלמ"ח, והיא שהשלימה את הכיבוש, ולא רק סייעה בחילוץ נפגעים, כפי שפורסם לאחר שנים רבות בהן הוסתרה גם עובדה זאת".
מילשטיין מוסיף וקובע כי "בדיר-יאסין נהרגו, לכל היותר, 110 ערבים וייתכן גם שהרבה פחות. הטבח, כביכול, אחרי הקרב, במחצבה או במקום אחר, לא היה ולא נברא, ורוב ההרוגים נפגעו במהלך הלחימה על-ידי לוחמי האצ"ל, לח"י, חטיבת "עציוני" ופלמ"ח. במהלך הלחימה התברר כי בניגוד למידע שהיה ללוחמים, היו דלתות הבתים לא מעץ כי אם מברזל, וכדי לפרוץ אותן הצמידו אליהן מטעני חבלה ופוצצו אותן. מפיצוצים אלה נפגעו ונהרגו חלק מיושבי הבתים. חלק מן ההרוגים נפגעו ביריות מכונת ירייה, שנורו מרחוק על ידי אנשי ארגון "ההגנה", שעה שהערבים ניסו לברוח מן הכפר המותקף לעבר הכפר עין-כרם, שנמצא מדרום לירושלים. אש מכונת ירייה זאת פגעה בעיקר בלא-לוחמים, וכן פגעה מהגב גם בלוחמי האצ"ל שתקפו את הכפר".
עם זאת הוא קובע כי "מפקד האצ"ל בירושלים, מרדכי רענן, פרסם ביום הקרב גוזמא על מספר ההרוגים - 240 - כדי להפחיד את הערבים ולפאר את התוקפים. מספר מוגזם זה שימש עילה לחלק מאמצעי התקשורת לפרסם שהיה טבח ושמפקד באצ"ל מודה בכך, שהרי אם לא היה טבח איך נהרגו אנשים כה רבים?".
מילשטיין מאשים בספרו כי "למרות שחלק מעובדות אלה היו ידועות גם במלחמת העצמאות וגם אחריה, הן לא נחשפו, לא ב-1948 ולא מאוחר יותר. לאחר שחשפתי מקצת מעובדות אלה לראשונה, בתחילת שנות התשעים, וחזרתי והתייחסתי אליהן פעמים אחדות מאז, לרבות בכנס מדעי באוניברסיטת בר-אילן, התעלמו מהן רוב החוקרים ואנשי התקשורת הישראלים ונצמדו לגרסה המניפולטיבית".