גדודי "חללי אלאקצא", הזרוע הצבאית של הפתח', דחו את דבריו של יו"ר הרשות הפלשתינית, אבו-מאזן, שגינה את הפיגוע בירושלים. בהצהרה מטעמה, הכריזה הזרוע על תמיכתה המלאה בפיגוע וקראה לפיגועים נוספים.
בנוסף, היא קראה לשחרר מבתי הכלא הפלשתינים את כל הפעילים החמושים ולהחזיר להם את נשקם כדי לשלבם בהתנגדות לצה"ל. הזרוע הביעה התנגדות לכל משא ומתן כלשהו עם ישראל.
שלושה ימים אחרי רצח תלמידי ישיבת מרכז-הרב, עדיין שורר ערפל בשאלה האם הרוצח פעל לבדו או כשליח אחד מאירגוני הטרור. בחמאס חוזרים לפזר רמזים, כי המחבל פעל בשירות הזרוע הצבאית "גדודי עז א-דין אלקסאם" בפיגוע בישיבה.
דובר הזרוע הצבאית, אבו עבידה, מסר היום (יום א') כי פרסום תמונות הפיגוע על ידי הארגון הוא "מסר שקט" לאויב הישראלי.
אבו עבידה נשאל לגבי ההתמהמהות בלקיחת האחריות והסביר: "לגדודי אל-קסאם יש שיקולים ביטחוניים שאינני רוצה להיכנס אליהם. איננו מעוניינים לספק לאויב הישראלי מידע בחינם. נודיע בזמן המתאים".
אבו עבידה הזכיר כי גם האחריות על הפיגוע בדימונה לא הייתה מיידית. ביום שישי הודיעו באמצעות מערכות הכריזה במסגדי רצועת עזה כי הפיגוע בירושלים בוצע על ידי איש חמאס.