מחקר המתפרסם הבוקר (26 באוקטובר 2008) באתר האינטרנט של "המרכז הירושלמי לענייני ציבור ומדינה" (www.jcpa.org.il) חושף, כי נתוני היסוד שמפרסם ארגון בצלם על מספר ההרוגים הפלסטינים אינו מדויק ומגמתי בדרך שמעצימה באופן מלאכותי את מספר ההרוגים האזרחים. כותב המחקר, המזרחן יהונתן דחוח-הלוי, תוקף את מערכת הביטחון ומשרד החוץ על ש"אינה עושה כמעט דבר על מנת להתמודד באופן ראוי עם המאבק שמנהלים יריביה של ישראל לשלוט במסר, בנתונים המוזנים לאמצעי התקשורת ולקהלי היעד ולעצב את התודעה בהקשר ל"אמת ההיסטורית". ישראל, לדבריו, הרשמית ויתרה על המאבק על צדקת דרכה והיא מותירה את הזירה פתוחה ליריביה ולמבקריה לרשום את תולדות ימי הסכסוך ללא מענה ישראלי ראוי או ללא מענה כלל.
במחקר מתמקד בדו"חות של ארגון בצלם, הזוכים לאמינות רבה בזירה הבינלאומית והוא מצוטט תדיר כמבטא "נתוני אמת" ע"י האו"ם (מועצת הביטחון, סוכנויות האו"ם השונות העוסקות בסכסוך), ארגונים בינלאומיים ואמצעי התקשורת.
התחום שהופקר ע"י ישראל הרשמית היה לאתגר אותו נטל על עצמו ארגון בצלם. הארגון הקים מאגר נתונים מרשים בהיקפו אודות ההרוגים בתקופת אינתיפאדת אל-אקצה והוא מקפיד לעדכן את הנתונים באופן שוטף. כל הרוג פלסטיני מצוין בשמו וניתן פרוט אודות תאריך ונסיבות המוות. ב-21 באוקטובר 2008 נכללו ברשימת ההרוגים 4,757 פלסטינים. על בסיס מסד נתונים זה, קובע ארגון בצלם בין היתר את מספר האזרחים הפלסטינים שנהרגו בידי כוחות הביטחון הישראליים. מסד הנתונים של בצלם
האם ההיקף המרשים של מסד הנתונים מעיד בהכרח על מהימנותו? לא בהכרח, ואולם בהיעדר נתונים ישראליים רשמיים אחרים ה"בלעדיות" הופכת ל"מהימנות". כאשר ישראל הרשמית אינה מממשת את זכותה להתגונן מול יריביה ומבקריה היא מעניקה להם את הזכות לקבוע את "האמת ההיסטורית" גם אין היא נכונה או מטה את הנתונים באופן מגמתי.
בצלם מציין בדו"ח שהופץ ב- 30 בדצמבר 2007 את נתונים הבאים המתייחסים לתקופה שבין 1 בינואר עד 29 בדצמבר 2007: "כוחות הביטחון הישראליים הרגו 373 פלסטינים, בהם 53 קטינים. רוב ההרוגים, 290 במספר, היה ברצועת עזה, ואילו 83 נהרגו בגדה המערבית. לפחות 131 מההרוגים הפלסטיניים במהלך 2007, כלומר כ-35%, היו אזרחים אשר לא נטלו חלק בלחימה בעת שנהרגו".
בדיקה יסודית ומקיפה של מסד הנתונים הנלווה לדו"ח בצלם, מציין דחוח-הלוי, חושפת ליקויים רבים בעבודת איסוף המידע, השמטת פרטי מידע חיוניים, אי הכללת מידע רלבנטי, הטיה של המידע המוצג ומידע שגוי. כלל הליקויים, הוא מדגיש, משפיעים באופן מהותי על המשמעויות הנלמדות מהנתונים.
ספירת השמות בדו"ח של בצלם מגלה, כי ברשימה 380 הרוגים פלסטינים ולא 373 כפי שציין ארגון בצלם. את ההרוגים הפלסטינים מחלק ארגון בצלם על פי 3 קטגוריות: "השתתף בלחימה" (195 הרוגים פלסטינים), "לא השתתף בלחימה" (119) והרוגים הנעדרים קטגוריה כלשהי (66).
רשימת ההרוגים הפלסטינים של ארגון בצלם נעדרת כמעט באופן מוחלט (למעט מספר מקרים בודדים) ציון ההשתייכות הארגונית של ההרוגים ותפקידם בארגוני הטרור השונים. כלל זה נכון גם ברשימות ההרוגים הפלסטינים שפרסם בצלם בשנים קודמות. לשם המחשה 6 פעילי צבא האסלאם (שלוחה של ארגון אל-קאעידה ברצועת עזה) שנהרגו בסיכול ממוקד הוגדרו ע"י ארגון בצלם כ"תושבי עזה" ש"נהרגו בעת נסעו ברכב במרכז העיר".
לעומת מסקנות דו"ח בצלם, מצא דחוח-הלוי על סמך המחקר שערך כי מספר "הפעילים הצבאיים" מכלל ההרוגים עומד על 311 (82.5% מכלל 377 ההרוגים הפלסטינים) ומספר ה"אזרחים הרוגים" מסתכם ב- 66 (17.5%).
יתירה מכך, דחוח-הלוי מציין, כי ארגון בצלם לא הכליל ברשימה זו 19 פעילי טרור פלסטינים שנהרגו ע"י ישראל בשנת 2007, מהם 7 פעילי הג'יהאד האסלאמי, 7 פעילי חללי אל-אקצה של פתח (2 משתייכים לקבוצות איימן ג'ודה), 3 פעילי חמאס, 1 פעיל גדודי המוג'אהידון ו- 1 פעיל החזית העממית. לאור זאת, מספר הפלסטינים שנהרגו ע"י כוחות הביטחון הישראליים בשנת 2007 עומד על 396. מתוכם 330 "פעילים צבאיים" (83.3%) ו- 67 הרוגים אזרחים (16.7%).