בדוח שנתי של ארגון השמאל 'האגודה לזכויות האדם' לרגל ציון 60 שנה להכרזת האו"ם על זכויות האדם, נכתב כי מדיניות ישראל ביהודה ושומרון מזכירה את משטר אפרטהייד בדרום אפריקה ואומרת כי הדמוקרטיה הישראלית בסכנה
בדו"ח נכתב בין השאר כי מאז הקמת המדינה, נתונים אזרחי ישראל הערבים לאפליה שיטתית וממוסדת, באמצעות חקיקה, הקצאת משאבים מפלה וקיומם של מוסדות מפלים, דוגמת קק"ל והסוכנות היהודית.
גם השנה נמשכה מגמת החקיקה הגזענית, שקיבלה ביטוייה בהארכת תוקפו של חוק האזרחות, המונע מבני זוג פלסטינים של אזרחים ישראלים לקבל מעמד בישראל, ובתיקון לחוק יסוד הכנסת, המונע מועמדות לכנסת ממי שביקר במדינת אויב ללא היתר.
עוד נכתב כי כ-90,000 ערבים אזרחי המדינה גרים בערים המעורבות – רמלה, לוד, עכו, חיפה ויפו. ברבות מהערים הללו, הפער בין השכונות הערביות ליהודיות בולט לעין; לעתים גם חוצצות חומות הפרדה בין האוכלוסייה הערבית ליהודית. בשכונות הערביות נפוצות תופעות כגון הזנחת מבנים וכבישים, מחסור במוסדות ציבור ובגנים ציבוריים, מערכת חינוך ירודה ומחסור בשירותי בריאות ורווחה. חלק מהשכונות הערביות אף אינן מוכרות על-ידי הממסד. מרקם היחסים בין יהודים וערבים בערים המעורבות פגיע ומעורער. האלימות הקשה וגילויי הגזענות החריפים שהיו חלק מהאירועים בעכו באוקטובר השנה, הם ביטוי אקטואלי למציאות זו.
אפליה בקרקעות ותכנון: מאז קום המדינה, האוכלוסייה הערבית גדלה פי שבעה, ואילו מחצית מהשטחים שהיו בבעלות ערבית הופקעו. 600 יישובים יהודיים הוקמו ע"י המדינה, ואף לא ישוב ערבי אחד, למעט כמה עיירות שהוקמו על אדמות בדואיות כדי "לרכז" את האוכלוסייה הבדואית. בעוד שהערבים בישראל מהווים כ-20% מאוכלוסיית המדינה, מגיע שטח השיפוט של כלל הרשויות הערביות ל-2.5% בלבד משטח ישראל. בפועל, מנוּעים האזרחים הערבים מלרכוש אדמות או לחכור אותן בלמעלה מ-80% משטח המדינה. ברבים מהיישובים הערביים, תוכניות המִתאר אינן עונות על צרכי האוכלוסייה. כתוצאה מכך, עשרות אלפי בתים ביישובים ערביים נבנו ללא היתרי בניה והם מוּעדים להריסה. בנוסף, קיים מחסור במבני ציבור.
בישראל קיימות אפליה והדרה מתמשכות כלפי אנשים עם מוגבלות. שירותים רבים אינם נגישים או זמינים להם, או שאינם עונים על הצרכים. למרות התפתחות החקיקה בהגנה על זכויות אנשים עם מוגבלות, המצב בשטח מלמד כי אין די בהתקדמות המשפטית.
רבים מהעולים מאתיופיה מועסקים בעבודות בשכר נמוך, באמצעות קבלני משנה וחברות כוח-אדם. 37% מעולי אתיופיה הם עובדים בלתי מקצועיים, לעומת 16% מעולי חבר המדינות ו-5% מהישראלים הוותיקים. שיעור האקדמאים יוצאי אתיופיה המועסקים במקצועות ההולמים את השכלתם נמוך יחסית לכלל האוכלוסייה; שכרם של אקדמאים יוצאי אתיופיה נמוך מהשכר הממוצע במשק; שילוב אקדמאים יוצאי אתיופיה בשירות המדינה אינו מספק.
הדו"ח מתייחס גם לישובי יהודה ושומרון אך מהזווית הפלסטינית בלבד:
נוכחותם של יישובים ישראליים בשטחים הכבושים יצרה מצב של הפרדה ואפליה ממוסדת. באותו שטח טריטוריאלי ותחת אותו שלטון, חיות זו לצד זו שתי אוכלוסיות, תחת שתי מערכות משפט נפרדות ומנוגדות במהותן. חייהם של האזרחים הישראלים בשטחים מתנהלים כמעט לכל דבר ועניין כפי שמתנהלים חייו של אזרח ישראלי המתגורר בישראל. לעומת זאת, התושבים הפלסטינים בשטחים חיים תחת משטר כיבוש צבאי.
ישראל סללה בגדה המערבית מערכת מסועפת ומודרנית של כבישים, המיועדים למעשה רק לתנועת ישראלים, בעוד הפלסטינים נאלצים לנוע בעיקר בדרכים עקלקלות ומסוכנות; השימוש המפלה שעושה ישראל במערכת התכנון בשטחים מגביל את הבניה ואת אפשרויות הפיתוח של הישובים הפלסטינים, בשונה מהגמישות התכנונית הרבה שממנה נהנות ההתנחלויות; כמות המים המוקצית להתנחלויות מאפשרת גידול דשא והקמת בריכות שחיה, בעוד שישנם פלסטינים הנאלצים לקנות מים לשתיה ממיכליות.
האפליה בשירותים, בתקציבים ובגישה למשאבים הטבעיים בין שתי קבוצות באותה טריטוריה מהווה הפרה בוטה של עקרון השוויון, המזכיר במובנים רבים והולכים את משטר ההפרדה ("האפרטהייד") ששרר בדרום אפריקה (זאת, גם אם בדרא"פ היה מדובר בקריטריון מבחין גזעני, להבדיל מהקריטריון האתני-לאומי המשמש בשטחים).
ישראל עושה שימוש נרחב במעצר מִנהלי נגד פלסטינים תושבי השטחים. רבים מהם מוחזקים במעצר תקופות ממושכות, המגיעות לכדי שנים, מבלי לקיים הליך משפטי הוגן, מבלי לבחון את ההאשמות בבית המשפט ומבלי לאפשר לעצור להתגונן. במקרים רבים המעצר המִנהלי הופך למעשה לענישה ללא משפט. מערכת משפט כפולה ומפלה: בעוד שישראלי החשוד בעבֵרה, חייב להיות מובא בפני שופט בתוך 24 שעות, חשוד פלסטיני, עשוי להיעצר למשך שמונה ימים בטרם יובא בפני שופט. נאשם ישראלי יישפט במערכת המשפט האזרחית; נאשם פלסטיני יישפט בבית משפט צבאי, לפי חוק צבאי מחמיר בהרבה, ובפני שופטים השייכים למערכת הצבאית.
עוד נכתב בדו"ח כי מגבלות התנועה ברחבי יהודה ושומרון מעכבות את הגעתם של חולים ושל אנשי צוות רפואי למרכזים הרפואיים. קיים מחסור בתרופות ובציוד רפואי. שירותים רפואיים חיוניים רבים אינם קיימים ברצועת עזה, ותושביה חייבים לקבלם בישראל או בחו"ל. קבלת היתר יציאה מעזה כרוכה בהליכים ממושכים; מאז יוני 2007 חלה עליה של עשרות אחוזים במספר מקרי הסירוב למתן היתר יציאה מעזה לצורך טיפול רפואי. סגירת המעברים ברצועה מונעת גם את יציאתם חולים שזכו בהיתר, ומונעת הכנסת תרופות וציוד רפואי נחוץ לתוך הרצועה. גוברים הדיווחים של חולים מרצועת עזה, שלפיהם השב"כ מתנה קבלת היתרי יציאה לצורך טיפול רפואי, בהפיכתם למשתפי פעולה כתנאי לקבלת היתר יציאה מעזה לטיפול רפואי