ארגון זכויות האדם Human Rights Watch מאשים (19 באפריל 2009) את חמאס בהוצאות להורג של מתנגדי המשטר. בדו"ח שפרסם מציין HRW, כי 32 "יריבים פוליטיים" ו"חשודים בשיתוף פעולה עם ישראל" נרצחו בידי אנשי כוחות הביטחון של חמאס במהלך מבצע "עופרת יצוקה" ולאחריו וכן נפצעו באורח חמור עוד עשרות רבות.
18 מהנרצחים היו אסירים שניסו להימלט מהכלא לאחר שהותקף בידי ישראל ב- 28 בדצמבר 2008 ולפחות 14 נוספים (מהם 4 עצורים) נרצחו בידי כוחות הביטחון של ממשלת חמאס לאחר מבצע "עופרת יצוקה". דובר חמאס, טאהר אל-נונו, הכחיש בשיחה עם רויטרס את הטענות לפיהן חמאס היה מעורב בהוצאות להורג. "מספר קבוצות התנגדות טענו, כי אנשיהן הרגו משתפי פעולה במהלך המלחמה באזורים בהם התנהלו קרבות. החקירה שפתחנו בנושא עדיין לא הושלמה", אמר.
לפני כשלושה שבועות האשים ארגון זכויות האדם הפלסטיני א-דמיר את מנגנוני הביטחון הפלסטיניים של ממשלת חמאס ברצח של 7 אסירים בעינויים ובהוצאות להורג. ה-דמיר טען, כי ממשלת חמאס מגלה יחס של אדישות כלפי מקרים אלה ואינה מקיימת חקירה של הפשעים שבוצעו במתקני החקירות של המשטרה הפלסטינית.