מסגד אל-אקצה מוסיף לשמש בידי החוגים האסלאמיים בישראל מוקד לפעילות נגד ישראל וכגורם לגיוס תמיכה עממית במאבק לריבונות אסלאמית על הר הבית. השיח' כאמל ריאן, ראש אגודת "אל-אקצה" לטיפוח ההקדש האסלאמי, מפנה אצבע מאשימה (26 באוקטובר 2009) לעבר משטרת ישראל, מדינת ישראל על מוסדותיה ומפלגותיה והעם היהודי בסוגית ירושלים בשל היותם "בני ערובה" מרצון המוחזקים בידי גורמים בימים הקיצוני.
ריאן טוען בהודעה שפרסם, כי קו ישיר מחבר בין "המתנחלים הקיצונים" לבין "הקיצונים בירושלים" ושניהם חותרים לדבריו ליצור עובדות בשטח באופן העומד בסתירה לחוק הבינלאומי, ההומאניות ואף דברו של בורא העולם. מדינת ישראל, אמר ריאן, פועלת לאחר מכן להכשיר את המציאות הקיימת לטובת "הקבוצות הקיצוניות", וזאת על חשבון האינטרסים של הערבים והמוסלמים ע"י חקיקת חוקים "גזעניים" ו"בלתי מוסריים". הוא הטיל את האחריות לאירועי האלימות האחרונים בירושלים על "המתנחלים" שגרמו לתבערה בפעולותיהם ובהתבטאויותיהם ועל הממסד הישראלי המגן עליהם.
במצב הקיים, אומר ריאן, הכדור נמצא במגרש של הממסד הישראלי. לטענתו, אם הממסד הישראלי באמת מגנה את החפירות מתחת למסגד אל-אקצה ואין לו כוונה לבנות בית כנסת במקום או את "בית המקדש השקרי" עליו להוכיח זאת לפלסטינים "בפנים" (כינויה של ישראל בטרמינולוגיה הפלסטינית, כלומר בפנים שטח פלסטין) ולעולם הערבי והאסלאמי בכלל. ריאן הזכיר בהקשר זה, כי ההלכה היהודית אוסרת לעלות להר הבית. אם הממסד הישראלי לא יעשה כן, הזהיר, הוא והעם היהודי כולו יהיה כבול בידי "הכנופיות הקיצוניות" ו"המתנחלים הפרועים".
רב הישוב בית אל וראש הישיבה במקום, הרב זלמן ברוך מלמד, שהוא מהרבנים שאינם עולים להר הבית מטעמי טהרה הגדיר את דברי השייח, "עזות וחוצפה" ואמר "נכון שעל פי ההלכה היהודית יהודי שאינו טהור לא יכול לעלות להר הבית אך קל וחומר שלערבים אסור לעלות למקום המקדש".