סגן שר הביטחון, מתן וילנאי, אומר כי אסור שלחיילים בצה"ל יהיו מקורות סמכות שונים. לדבריו, יש למפות את תופעת הסרבנות ביחידות השונות ורק אחר-כך להחליט אילו צעדים לנקוט. בראיון לקול ישראל אמר סגן השר וילנאי כי חיילי ישיבות ההסדר הם חיילים טובים וצה"ל לא ירצה לאבד אותם, אך אם יהיה צורך - יוותר על שירותם בכאב כדי שלא לרסק את הצבא.
שר הביטחון אהוד ברק אמר אמש (רביעי) כי יש לפעול בחומרה נגד תופעות סרבנות בצה"ל וכי צריך לשקול צעדים נגד רבנים בודדים מישיבות ההסדר המטיפים לסרבנות.
עם זאת, אמר ברק כי "אם אפשר ליישב את העניין בלי להגיע לסגירת ברזים בישיבות הסדר, מוטב כך". שר הביטחון קרא "לא לעמוד עם סטופר ביד בשאלת הטיפול בקריאות לסרבנות".