אפרים הלוי, שכיהן בתפקיד ראש המוסד בשנים בשנים 1998-2002, ביקר השבוע בטורונטו כאורח כבוד של ארגון יד ושם. בראיון לעיתון "גלוב אנד מייל" (8 בדצמבר 2009) אמר הלוי, כי איראן אינה מהווה איום קיומי לישראל, ואדרבא היא נתונה בצבת של לחצים בינלאומיים ופנימיים. לדבריו, ניכרים סימני סדקים במשטר והשעון המצביע על שינוי באיראן כבר החל לתקתק כמו גם השעון לקראת רכישת יכולת גרעינית.

בהתייחסו לאיום האיראני על ישראל הביע הלוי הסתייגות מהתיאורים האפוקליפטיים בנוגע לכוונות של איראן לשגר טילים גרעיניים לעבר ישראל. "אני סבור שישראל אינה ניתנת להשמדה, אני מאמין שלא ניתן להרוס את מדינת ישראל, מכיוון שיש לנו יכולת הגנתית ומכיוון שיש לנו יכולות התקפיות שונות... אנו מדינה גדולה... יש לנו מסה קריטית של אוכלוסיה אשר מבטיחה שלא נושמד", אמר.

העדפתו של הלוי בסוגיה הפלסטינית נוטה בברור לצידו של חמאס, בו הוא רואה בר שיח יותר ריאליסטי אשר ניתן לדבר איתו על הפסקת אש ללא צורך בהתנייה של ביטול האמנה הקוראת להשמדת ישראל. ראשי חמאס הינם "שטניים אך אמינים", אמר הלוי והוסיף: ""אינני מאוהב בחמאס. אני מחפש משהו פרקטי... עלינו לשכנע את חמאס שזה האינטרס שלהם להידבר איתנו. אנו מתחילים לצעוד בכיוון זה". בראיון אחר לאתר האינטרנט Shalomlife.com  אמר ראש המוסד לשעבר, כי זה הזמן לדבר עם חמאס, מכיוון שהם יותר אמינים ואפקטיביים ככוח פוליטי בתוך החברה הפלסטינית מאשר ארגון פתח. "לדעתי, אין דרך להפסיק את התקפות טילי הקסאם או לשחרר את גלעד שליט ללא לשלב את חמאס בתהליך המדיני". עוד ציין, כי "מיליון וחצי תושבים כלואים בעזה. הכלכלה של עזה בקיפאון. ישראל אינה יכולה להמשיך בשליטה ללא קץ... זה מתכון לבעיות".