למרות העובדה שהאוניברסיטה האסלאמית ברצועת עזה נשלטת באופן מוחלט על ידי החמאס ומהווה, מאז הקמתה, מוקד כוח פוליטי, חברתי, תרבותי וצבאי של הארגון, היא זוכה בגיבוי רב מארגונים רבים במערב. כך מדווח באריכות בדו"ח חדש של מרכז המידע למודיעין ולטרור המזכיר בפתח הדברים כי את האוניברסיטה הקים בשנת 1978 השייח' אחמד יאסין, מייסדה ומנהיגה של תנועת החמאס.
הדו"ח מחלק את הפעילות באוניברסיטה למספר תחומים – הפוליטי, הצבאי והתודעתי.
בתחום הפוליטי מהווה האוניברסיטה חממה לצמיחתם והתפתחותם של מנהיגי חמאס, קובע הדו"ח. "רבים מבכירי חמאס בעבר ובהווה, כולל בכירים בגדודי עז אלדין אלקסאם, החלו פעילותם באוניברסיטה, הן כנושאי משרות מנהליות, הן כמרצים והן כפעילי אגודת הסטודנטים. כך למשל אסמאעיל הניה, ראש ממשלת חמאס, הינו בוגר החוג לספרות ערבית, אשר שימש בעבר כמזכיר מועצת הנאמנים של האוניברסיטה וכיו"ר מועצת הסטודנטים. מחמוד א-זהאר, מבכירי חמאס שימש כמרצה לנושאי רפואה באוניברסיטה". עוד מזכירים במרכז המידע כי "בכירים בזרוע הצבאית של חמאס שמצאו מותם כגון אבראהים אלמקאדמה, סלאח שחאדה ונזאר ריאן, נשאו אף הם משרות באוניברסיטה".
כאמור, האוניברסיטה לא מתמקדת רק בתחום האקדמי אלא מהווה בסיס צבאי של ממש. "גדודי עז אלדין אלקסאם, הזרוע הצבאית של חמאס מקיימת פעילות ענפה בין כותלי האוניברסיטה. פעילות זו כוללת את ניצול מעבדות האוניברסיטה לשם פיתוח וייצור אמצעי לחימה, לרבות פיתוח רקטות ארוכות טווח, תוך שימוש בסטודנטים ובמרצים כמוקדי ידע. סטודנטים שהיו מעורבים בייצור אמצעי לחימה נשלחו ע"י חמאס להשתלמויות באיראן, בסוריה ובלבנון".
עוד נזכר בדו"ח כי "באוניברסיטה אוחסנו אמצעי לחימה והתקיימו בה פגישות חשאיות של פעילים צבאיים. לפני השתלטות חמאס על הרצועה הופעל מתוכה כוח צבאי נגד תומכי פתח והרשות הפלסטינית. סטודנטים רבים גויסו לשורות גדודי עז אלדין אלקסאם ונטלו חלק בפעילות צבאית-טרוריסטית, כולל ביצוע פיגועי התאבדות".
לבד מפעילות הטרור המעשית מקיים ארגון החמאס בין כותלי האוניברסיטה פעילות הסברתית להטמעת האידיאולוגיה האסלאמית-רדיקאלית בדגש על עוינות לישראל ולמערב והליכה בדרך הג'האד. "באוניברסיטה מתקיימים כנסים העוסקים בהשלטת הקוד האסלאמי על חיי היום-יום של תושבי רצועת עזה (כמו למשל העמקת לימודי הקוראן במערכת החינוך או שימוש בתקשורת לשם הגברת השפעת הדת על התושבים)".
כמו כן מתואר בדו"ח כי "בחינת עבודות מחקריות המתבצעות באוניברסיטה באצטלה אקדמית, מצביעה על עיסוק בנושאים "אקדמיים" הקשורים ל"חינוך ג'האדיסטי" על פי הגותו של עבדאללה עזאם (מקור ההשראה האידיאולוגי של אסאמה בן לאדן), יישום "החינוך הג'האדיסטי" בבתי הספר הפלסטינים, או דרכים להעמקת "החינוך הג'האדיסטי" באמצעות האישה המוסלמית".
למרות כל זאת מקיימת האוניברסיטה האסלאמית מערכת ענפה של קשרים עם מוסדות אקדמיים ועם ארגונים וקרנות בעולם הערבי והמוסלמי ובמדינות המערב. אנשי מרכז המידע למודיעין ולטרור מציינים כי "כלפי חוץ מצניעה האוניברסיטה את הפעילות החמאסית המתבצעת בין כתליה ואת אופייה האסלאמי-רדיקאלי ומציגה עצמה כמוסד אקדמי אזרחי לכל דבר. במסגרת קשריה האקדמיים היא חברה באגודות בינלאומיות של אוניברסיטאות ומקיימת קשרים אקדמיים עם אוניברסיטאות ואגודות סטודנטים במדינות כמו בריטניה, שבדיה ופינלנד (בפרט בולטים קשריה עם אגודות הסטודנטים של London School of Economics ושל Queen Mary College בלונדון. בנוסף מסתייעת האוניברסיטה, בין אם ישירות ובין אם בעקיפין בקרנות וארגונים הפועלים במדינות מערביות (כגון ארה"ב וגרמניה) ובמדינות מוסלמיות (כגון תורכיה וסעודיה) ובארגון סיוע בינלאומי האוסף כספים עבור חמאס ("קואליצית הצדקה"). סיוע זה מתבטא במתן מלגות או הלוואות לסטודנטים הלומדים באוניברסיטה ובמימון פרויקטים שונים באוניברסיטה".