מכון מחקר בדנמרק בשם Danish Institute for International Studies ערך בשנת 2006 מחקר בו דווח כי IHH קיים בעבר (שנות התשעים של המאה הקודמת), קשרים עם ארגון אלקאעדה ופעילי הג'האד העולמי, כך חושף מרכז המידע למודיעין ולטרור.
המחקר, הממוסמך ומתועד היטב, נערך ע"י חוקר אמריקאי בכיר החוקר את ארגון אלקאעדה, בשם איוואן קוהלמן. המחקר עוסק במעורבות קרנות צדקה אסלאמיות בסיוע לטרור.
על פי המחקר, שלטונות תורכיה החלו לערוך חקירה אודות IHH לפחות החל מדצמבר 1997, בעקבות ידיעות לפיהן בכירים ב-IHH רכשו כלי נשק אוטומטיים מארגונים אסלאמיים קיצוניים. בעקבות זאת, נערכה פשיטה על משרד הארגון באיסטנבול, ונעצרו פעילים.
כוחות הביטחון התורכיים חשפו במהלך הפשיטה ממצאים רבים, ביניהם כלי נשק, חומרי חבלה, הוראות להכנת מטעני חבלה ודגל נושא מסר של ג'האד.
מניתוח המסמכים שנמצאו במשרד הארגון ע"י הרשויות התורכיים, עלה כי חברים ב-IHH התכוונו ליטול חלק בפעילות הג'האד באפגניסטן, בבוסניה ובצ'צ'ניה.