מנכ"ל משרד ראש הממשלה לשעבר יוסי בן אהרון מבקר בחריפות את ההתנהלות של משטרת ישראל בחוות גלעד. "הפעילות הזאת שופכת אור, על היחס הקשה לאנשי ההתנחלויות וזה מקומם אני הכרתי את נתניהו ואני לא מאמין שהוא עומד מאחורי הפעילות הזאת של המשטרה והצבא נגד המתנחלים".
בן אהרון משוכנע, שמה שקרה בחוות גלעד מקורו ביוזמות של שר הביטחון. "יש פה מערכת יחסים שנוצרה בין נתניהו לאהוד ברק, והיחס של ברק לאמריקאים שמטפחים את שר הביטחון מתוך תחושה שברק יושיט להם קצה חוט כפי שעשה שרון שנסוג מעזה ואולמרט שרצה לסגת מרוב יהודה ושומרון, הם מבינים שנתניהו בגלל צרכי הקואליציה מעדיף להתעלם, אז הם מנסים עם ברק".
מנכ"ל משרד ראש הממשלה לשעבר, קובע שמה שקרה השבוע בשומרון הוא מסר כואב מאוד. "הרי למי זה מפריע שבחוות גלעד הקימו צריף על אדמת מדינה? מדוע זה צריך להוסיף או לגרוע למישהו, מי צריך בדיוק להראות בעולם שמערכת הביטחון שלנו משתקת את הרחבת ההתנחלויות כדי להעביר מסר שהם כביכול בעד משא ומתן. הם צריכים להבין שהם הכאיבו לכל היהודים שליבם עם ארץ ישראל"
הוא קורא לראש הממשלה, לעשות הכול כדי שאירועים כאלה לא יישנו בעתיד. "אני פונה לראש הממשלה בשם כל אלה שחשובים לו, שיטיל את מלוא כובד משקלו כדי לשים קץ לתופעות כאלה בעתיד. כולם צריכים להבין שבלי התיישבות ביהודה ושומרון לא יהיה שלום".