שבעה פלשתינים ושלושה צעירים יהודיים נפצעו אחר-הצהריים בעימותים שהיו באיזור עלי-עין, מזרחית לשילה. חמישה מהפלשתינים נפצעו מירי של צה"ל ותושבים מהאיזור שהגנו על נפשם.
באחד המקרים התנפל פלשתיני עם מכוש על קצין צה"ל, סגן מפקד פלוגה, בניסיון להרגו. הקצין ירה בפלשתיני ופצע אותו. במקרה אחר נורה פלשתיני שניסה לחטוף צעיר יהודי ולגרור אותו אל תוך ההתקהלות של הפלשתינים, כנראה כדי לבצע בו לינץ'.
כל הפרטים הללו עולים מהתחקיר הראשוני של צה"ל, שעדיין לא הסתיים. מהתחקיר הראשוני מסתבר כי האירוע התחיל כאשר בין שניים לשלושה פלשתינים התנפלו על נערים יהודיים שהלכו מאש קודש לכיוון עלי עין שממזרח לשילה. בתוך זמן החלו זריקות אבנים הדדיות. למקום הוזעקו אנשי כיתות כוננות מהיישובים הסמוכים.
כוח של צה"ל הגיע למקום כדי להפריד בין המחנות הותקף בידי פלשתיני עם מכוש. הסמ"פ ירה בפלשתיני ברגל ופצע אותו. חיילי צה"ל טיפלו בפלשתיני הפצוע. על פי אחת העדויות, בשלב הזה הגיעו שני נערים יהודים שאחד מהם יידה סלעים על הפלשתיני הפצוע ועל החיילים המטפלים בו. חברו עצר את זריקת האבנים. השניים הורחקו מהמקום ולא נעצרו.
פלשתיני שני נורה ברגלו בידי מפקד אחר, שאינו קצין, אחרי שהמון פלשתיני התנפל על צעיר יהודי וניסה לגרור אותו לתוך התקהלות של פלשתינים כדי לבצע בו לינץ'.
מתחקיר צה"ל עולה כי עוד שלושה פלשתינים נפצעו כנראה מירי של מתיישבים שהגיעו למקום חמושים, ולא מידי הצבא. בנוסף יש שני פלשתינים פצועים לא מירי. אחד נפצע כשניסה להרים רימון גז ושרף את ידו, ואחד מירי רובה גומי.
כאמור מיידויי האבנים נפצעו גם שלושה ישראלים. כעת המצב רגוע.
הפלשתינים טוענים שהנערים הישראלים יצאו לעקור עצי זית שניטעו לפני מספר ימים.
נמסר כי אחרי האירוע יידו תושבים יהודיים, כנראה נערים, אבנים על כלי רכב פלשתינים ליד שילה, והציתו צמיגים. נראה כי גם במקרה זה, כמו במקומות אחרים, היתה מעורבות של פעילי שמאל ואנרכיסטים שהדליקה את הגיזרה.
בועד מתיישבי בנימין דוחים את טענות המח"ט לפיהן הערבים שנפצעו באירועים סמוך למאחז עלי עין נפגעו מירי מתישבים יהודים.
"מצער מאוד שלמרות שהמח"ט לא היה באירוע הוא מעדיף להאמין לערבים ולא לקציני הבטחון היהודים שהיו במקום ודיוחו לו שהירי בוצע ע"י חיילי צה"ל. אם המח"ט לא יחזור בו תוגש נגדו תביעת דיבה", אומרים בועד.