גדודי חללי אלאקצא קבוצות עמאד מרניה הכחישו כל קשר לפיגוע באיתמר. בהודעה שהם פרסמו ואשר צוטטה בסוכנות הידיעות הפלסטינית "מען" נמסר, כי מאבק הגדודים הינו לשם החירות והכבוד ולא לשם הרג ושפיכות דמים. בעבר היו הזדמנויות גדולות לבצע פעולות, אולם מה שמנע אותן היה הימצאותם של ילדים.
יש לציין, כי אתר "קדס נט" פרסם לאחר הפיגוע הודעה כביכול של גדודי חללי אלאקצא לפיה הם נוטלים אחריות לביצוע הפיגוע באיתמר. בהודעתם נמסר, כי קבוצה של לוחמים הצליחה להכנס לאחד מבתי ההתנחלות איתמר ולהרוג את מי שהיה בתוכו. הפיגוע לדבריהם בוצע כתגובה לתוקפנות הישראלית המתמשכת כלפי בני העם הפלסטיני. אולם כאמור, כעת מכחישים גדודי חללי אלאקצא כל קשר לפיגוע.
יש לציין עוד כי בעבר פורסמו ידיעות על נטילות אחריות לביצוע פיגועים בשם גדודי חללי אלאקצא, אשר בדיעבד הסתבר, כי הפיגועים בוצעו ע"י אירגונים אחרים או שלא היה מדובר כלל בפיגוע. חלק מהפלגים הפועלים תחת השם גדודי חללי אלאקצא קשורים וממומנים ע"י חמאס וחזבאללה.
יצויין , כי פרט להודעה זו לא נטל שום אירגון אחריות למעשה, ולפיכך הועלו טענות והשערות שונות ע"י הפלסטינים לגבי מבצעי הפיגוע. שר החוץ הפלסטיני,ריאד אלמאלכי, אמר,כי הרג של תינוק ורצח אנשים בצורה כזו לא נעשה בעבר ע"י שום פלסטיני בשם [ארגון] לאומי או לשם מטרת נקמה, ודבר זה מעורר ספקות באשר להאשמה לפיה פלסטינים הם אלה שביצעו את המעשה. ואילו בחמאס טען חבר הלשכה המדינית של חמאס עזת אלרשק,שאין להוציא מכלל אפשרות שמתנחלים ביצעו את הרצח על רקע פלילי.