בדו"ח שלו על ליקויי מערכת הביטחון מייחד מבקר המדינה פרק לסוגיית ההתייחסות הצה"לית לאיכות סביבה, ומקפיד לציין לחיוב כי בשנים 2007-2010 גברה המודעות בצה"ל לנושא ההגנה על הסביבה, ובזכות זאת חלה התקדמות בנושאים אחדים לעומת המצב ששרר במועד הביקורת הקודמת.
עם זאת, קובע המבקר, במועד סיום המעקב נמצא כי כמה מהליקויים שהועלו בביקורת הקודמת עדיין לא תוקנו וכן הועלו ליקויים אחרים, בעיקר בתחום הקשר בין צה"ל ובין המשרד להגנת הסביבה, בתחום הטיפול בהסרת המפגעים הסביבתיים הקיימים ובתחום הטיפול באזבסט.
לצד ההערכה על המודעות הצה"לית בנושאי איכות סביבה סבור המבקר כי יש לפעול גם בשטח ברוח זו. בין השאר הוא מציג סדרת המלצות בנושאי תיאום בין צה"ל למשרד להגנת הסביבה.
"על צה"ל, משרד הביטחון והמשרד להגנת הסביבה לפעול בשיתוף כדי למסד בטווח הקצר את נושא העברת המידע מצה"ל למשרד להגנת הסביבה, תוך קביעה של היקף המידע, תכניו ומועדי העברתו. על צה"ל ליישם בהקדם את הנוהל שגיבש לאכיפת דיני הסביבה במחנות צה"ל באמצעות מפקחי המשרד להגנת הסביבה, כדי לאפשר למשרד להגנת הסביבה לבצע פיקוח אפקטיבי בנושא".
כמו כן ממליץ המבקר לקבוע לוחות זמנים לביצוע סדרת מטלות נצרכות בתחום זה על ידי הצבא והמערות המקבילות.
כידוע עד לפני שנים מספר היו מבנים רבים בצה"ל מקורים בתקרות אסבסט שהתבררו כמסכנות את בריאותם של החיילים. המבנים אמנם פונו והוחלפו אך הפסולת המסוכנת עודה בתחומי הבסיסים. "על צה"ל לפעול בדחיפות להסרת מפגעי האזבסט שהתגלו כבר בשנת 2008 במחנות ובמבנים בלתי מאוישים וכן לפינוי פסולת האזבסט שנשארה במתחם קציעות כבר משנת 2003", כותב המבקר.
משרד מבקר המדינה רואה בחומרה את העובדה שצה"ל לא פינה את פסולת האזבסט שהיה בה משום סיכון בריאותי, שלא לפי צו הניקוי המורה לפנות פסולת זו אשר הוציאה המועצה האזורית רמת הנגב כבר בינואר 2008; וכן את העובדה שלא חל שינוי בעניין זה לאחר מרס 2009, המועד שבו המשנה ליועץ המשפטי לממשלה דיווח ליועץ המשפטי של מערכת הביטחון על אי-קיום הצו. "על צה"ל לפעול בדחיפות לסילוק המפגע החמור כדי למנוע סיכון בריאותי לתושבי האזור", דורש המבקר.
סוגיות נוספות של איכות סביבה עולות גם הן מהדו"ח: משרד מבקר המדינה מעיר למשהב"ט על שבעת סיום המעקב הוא לא טיפל בשני הזיהומים רחבי ההיקף שנמצאו בביקורת הקודמת; "אשר למפגע של תחמושת בקרקעית הים מול חופי תל אביב, ראוי שמשרד הביטחון יבחן שוב את הצעת היועץ המשפטי למערכת הביטחון מיוני 2007 ולפיה המשרד יקבל עליו את תפקיד ביצועו של הסקר הימי, יכיר בחשיבותו הרבה ויקצה לכך את התקציב הנדרש לביצוע הסקר". עוד מעיר משרד מבקר המדינה כי הגיעה העת להשלים את הטיפול בזיהום שנוצר עקב דליפת דלק סילוני באקוויפר החוף.