צה"ל ביצע לאחרונה תחקיר מקיף בעקבות הסתננותם של מאות מתפללים לקבר יוסף לפני למעלה מחודש.
כ- 50 מסתננים התבצרו אז במתחם הקבר והתעמתו עם כוחות הביטחון. במהלך האירוע אף הותקף מפקד אוגדת איו"ש, תת אלוף ניצן אלון, וכי צה"ל התקשה להשתלט על המסתננים, והחזרה לשגרה בתוך העיר שכם בשעת לילה מאוחרת לקחה זמן רב.
ממסמך סודי שהגיע לערוץ 7 מודה מח"ט שומרון, נמרוד אלוני, כי הפריסה בשטח הייתה שגויה וכי כוחות המשטרה פעלו באיחור ואף הפריעו לכוחות צה"ל בשטח, "היערכות המשטרה בשטח לא הייתה טובה", נאמר בתחקיר, "גם לאחר שהגיעו כוחות המשטרה באיחור, פעילות השוטרים בשטח לא הייתה אפקטיבית ואף הפריעה לכוחות".
בדו"ח מציין המח"ט כי קיימת תפיסה אידיאולוגית כי פעולות ההסתננות לקבר יוסף יכריחו את צה"ל והממשלה לשוב לקבר יוסף (שעל פי הסכמי אוסלו המתחם צריך להיות בשליטה ישראלית).
בדו"ח מואשמות שתי קבוצות בכניסות הלא חוקיות למתחם הקבר: ישיבת שובו בנים של חסידי ברסלב בראשות הרב אליעזר ברלנד ו"גרעין שכם" המורכב מתושבי יו"ש השייכים לזרם הדתי לאומי.
בסוף הדו"ח מפיק צה"ל לקחים שמטבע הדברים את רובם לא ניתן לפרט כאן מטעמים ביטחוניים ומבצעיים, אך אחת המסקנות שעולה היא פיקוח הדוק יותר על מתן כרטיסי הכניסה לקבר יוסף, מכירתם ברשת האינטרנט או בטלפון ולא בשטח. כמו כן המועצה האזורית שומרון היא שתפקח על הארגון סביב הקבר וההסעות מהצמתים השונים באזור למתחם תוך תיאום מלא עם גורמי הצבא. "רשימת הנכנסים תיקבע מראש על ידי המועצה אזורית שומרון". "המועצה האזורית שומרון תיתפס כזכיין לאירועי קבר יוסף", נכתב.
סך הנכנסים לקבר לא יעלה על 300 מתפללים בסבב אחד והכניסה תתבצע מחצות ועד ארבע וחצי לפנות בוקר. בדו"ח מומלץ לתעד מתפללים אלימים כדי להביא לעונשם המלא בבתי המשפט.