המדרשה לידע המקדש, הפועלת כזרוע החינוכית של 'מכון המקדש', נערכת בימי החגים לפעילות חינוכית מוגברת, בכל רחבי הארץ.
רכז ההדרכה במדרשה, מרדכי פרסוף מספר לערוץ 7 כי המדרשה מתמחה כל השנה ובעיקר בימי החגים בתוכניות ופעילויות בעניני ירושלים ובית המקדש הן בהרצאות, ימי עיון, הצגות, סדנאות, הפעלות ועוד.
פרסוף, יחד עם מתנדבי השירות הלאומי, יוצאים לבית הספר או לקהילות בכל רחבי הארץ ומציגים בפניהם תערוכת שכלי המקדש משוחזרים, "יש לנו דגם של בית המקדש המתפרק ל-100 חלקים ומשתף את התלמידים בהבנת חשיבות בית המקדש".
רק לאחרונה מכון המקדש בנה את דגם המקדש הגדול ביותר בארץ. הדגם נייד וניתן לבניה בכל מקום. בדגם: עזרת הנשים, העזרה, כל הלשכות, כל הכלים, גג ההיכל נשלף, חמש עשרה המעלות ועוד. מידות הדגם: שניים על ארבעה מטרים בגובה מטר.