ח"כ ד"ר מיכאל בן ארי ותנועת 'ארץ ישראל שלנו' עתרו לבג"צ נגד עסקת גרפל במהלכה מבקשת מדינת ישראל לשחרר 22 אסירים, חלקם מחבלים, למצריים.
בעתירה נכתב בין היתר כי "טענתם הראשונה של העותרים היא כי וועדת השרים לביטחון לאומי לא הייתה מוסמכת לקבל את ההחלטה על שחרור המחבלים. עם כל הכבוד והערכה ליושבים בוועדת השרים במדינת ישראל יש ממשלה, וכפי שציטטנו בפתח הדברים: למעשה כאשר עשו שימוש בסמכויות המופלגות של הקבינט, התרוקנה הממשלה מתפקידה העיקרי. במקום שבו מופעלת סמכותו הופך הקבינט לרשות מבצעת למעשה. ספק אם הסדר זה מתיישב עם חוק יסוד הממשלה הקובע בסעיף 1 כי הממשלה היא הרשות המבצעת בישראל, וכי הממשלה אחראית לפני הכנסת אחריות משותפת כאמור בסעיף 4 לחוק".
עוד נכתב בעתירה כי "בדיקה קצרה של עסקאות שחרור שונות שנערכו בעבר מגלה כי ממשלת ישראל היא שקיבלה את ההחלטה ולא וועדת השרים לענייני חקיקה, כאשר להווי ידוע כי על החלטות השונות של הממשלה יכולים השרים להגיש עררים ולטעון טענות כנגדן. זאת ועוד, בעניין בו עסקינן מדובר למעשה בהסכם בין מדינות אותו הממשלה צריכה לאשר".
לטענת העותרים משלא אשרה הממשלה את שחרור המחבלים בעסקת גרפל אין תוקף לעסקה ודינה להתבטל או לכל הפחות להידחות עד אשר העניין יובא להכרעת הממשלה".
טענה נוספת של העותרים היא כי שחרור המחבלים תמורת שחרורו של מר גרפל אינו סביר ואינו מידתי. "אמנם העותרים מכירים את ההלכה שנפסקה בבית משפט זה ולפיה בית משפט נמנע מלהתערב בהחלטות הממשלה בשל אופיים המדיני של הסכמים אלה, אך בעניין בו עסקינן נדמה שמדובר בפרשה שונה מפרשת שליט או פרשות שהתרחשו בעבר כאשר חיילים או אזרחים של מדינת ישראל נחטפו. בפרשה שלנו, מדובר באדם בוגר, בעל אזרחות אמריקאית שהחליט על דעת עצמו ללכת ולהתערב בעניין לא לו, תוך שהוא מודע ונוטל על עצמו סיכונים שונים. אין ספור אזהרות התפרסמו בתקשורת הישראלית נגד נסיעה למצרים, ואולם מר גרפל החליט לעשות את אשר עשה דווקא בשל אידיאולוגיה שמאלנית קיצונית מוצקה ומתוך בחירה חופשית. בנסיבות אלה, וכאשר על כף המאזניים שחרורם של מחבלים מסוכנים על כל המשתמע מכך נשאלת השאלה האם אין לאזרח אחריות כלשהיא על מעשיו? האם מדינת ישראל מחויבת לשאת בתוצאות הרסניות, לעשות מעשים של התאבדות של ממש עם שחרורם של בני עוולה שונים והכול כדי להביא לשחרורו של מי שהלך לאשר הלך ברצון? האם ארצות הברית של אמריקה שמר גרפל הוא בעל אזרחות שלה, גם היא הייתה נוהגת כפי שנוהגת מדינת ישראל?".
לעתירתם צירפו חבר הכנסת בן ארי ותנועת 'ארץ ישראל שלנו' שורת נפגעי טרור שבעבר כבר "ביקשו באמצעות באי-כוחם, לעיתים בזעקה, לעיתים בקול תחינה, להתריע מפני שחרורם של מחבלים נוספים מכלאם, הואיל ואת תוצאתו הצפויה של שחרור זה ניתן לנבא כבר עתה, וברמת סבירות גבוהה ביותר".