ארגון רבני צהר תוקף בחריפות את המשרד לשירותי דת והעומד בראשו ,יעקב מרגי ,על רקע סוגיית מערך רישום הנישואין בישראל.
רבני צהר טוענים כי השר מרגי נכנע למסכת לחצים שהופעלה עליו ועל משרדו והחליט לצמצם את פעילות הארגון ורבניו ולחזק את רבני הערים. ככל הנראה הרקע להחלטת השר הוא מלחמה סמויה וגלויה בשנים האחרונות. רבני הערים טענו כי רבני צהר פוגעים בפרנסתם ובעבודתם בקידום הפרוייקט לעריכת נישואין לאלפי זוגות שאינם חפצים בשירותי הרבנות.
יו"ר ארגון רבני צהר, הרב דוד סתיו הביע חשש כבד לגורלם של אלפי הזוגות הרבים שהצהירו כי לא יתחתנו דרך הרבנות בשום מצב וכי יחפשו דרכים אלטרנטיביות על פי ההלכה על מנת להתחתן.
"השר מרגי גורם להתבוללות העם היהודי פשוטו כמשמעו. כ"כ הרבה פעמים שמעתי במו אוזני את האמירה "או צהר או קפריסין" מזוגות שהודיעו לי כי בשום פנים ואופן לא ידרכו ברבנות. 'צהר' בגישתה הנעימה והמקרבת, יחד עם הקפדה על ההלכה, מאיימת על פרנסתם של הרבנים שרואים בזוגות החילוניים מקור בלתי נדלה לפרנסה."
הרב סתיו הוסיף ואמר כי "אין לתאר את הנזק לעם היהודי ולצביונה של המדינה שיכול מעבר המוני כזה של זוגות להתחתן בדרך שאינה על פי ההלכה היהודית האורתודוכסית, והשר מרגי ממש דוחף אותם ואת ילדיהם ונכדיהם וניניהם מחוץ לכלל ישראל. אני מאוד מקווה שהממסד הרבני והפוליטי יתעשתו ויסייעו לנו ליצור נקודת מפגש מחברת ואמיתית בחברה הישראלית ולא פירוד ושמד".
בארגון צהר טוענים כי משרד הדתות והרבנות הראשית הערימו בשנים האחרונות קשיים על הזוגות החילוניים והתייחסו אליהם בביטול ובחשדנות, "כעת החליטו גופים אלה לסגור את המתחרה העיקרי שגרם לקירוב לבבות ולשמירת הזוגות בתוך העם היהודי".
בלשכתו של השר מרגי דחו את הטענות ומסרו "כמשרד לשירותי דת איננו מתעסקים במי הם הרבנים אשר מאושרים לערוך חופות ומי לא, כיוון שנושא זה מצוי בתחום סמכותה הבלעדי של מועצת הרבנות הראשית".
עוד נאמר "השר מרגי לא מונע מהרבנות שוהם לקבל תעודות נישואין, אלה ההפך הוא הנכון, הרבנות שוהם מקבלת תעודות נישואין מעבר לצורך האמיתי, כידוע תקנות החוק קובעות חד משמעית שניתן לפתוח תיק רק כאשר אחד מבני הזוג מתגורר באותה עיר בה נפתח התיק. השר מרגי נפגש עם הרב דוד סתיו מספר פעמיים יחד עם המנכ"ל בארי והועלתה הצעה כי השר ינחה את כלל המועצות הדתיות בארץ לקבל את רבני צוהר המאושרים ע"י הרבנות הראשית ובכך יבואו על סיפוקם, אולם לצערינו חזרו בהם אנשי צהר מהצעת השר והצהירו כי ינהלו מאבק תקשורתי נגד השר ומשרדו ".