בדיון סוער שהתקיים הבוקר בוועדת החינוך של הכנסת בנושא סגירת ישיבת 'דורשי ייחודך' ביצהר אמר יו"ר ועדת החינוך ח"כ אלכס מילר (ישראל ביתנו) כי מסגירת הישיבה ביצהר נודף ריח פוליטי. "אף אחד לא הצליח לשכנע את הוועדה בצדקת החלטת משרד החינוך. מדובר בהחלטה קולקטיבית המשפיעה על מאה תלמידים ומורים. אם מורה אינו מתאים למערכת - שיפוטר. לתלמידים בעיתיים ניתן למצוא מסגרות חלופיות, אך לא ייתכן שמשרד החינוך יקבל החלטות חריגות על סמך מידע חסוי. האשמות הן חמורות ביותר וכשיש האשמות כאלה מן הראוי היה לחקור ולהמליץ להגיש כתבי אישום". עוד הוסיף מילר, כי תקדים מסוכן זה ייצור מצב של סגירת בתי ספר נוספים בגלל הדעות הפוליטיות של מי שמלמד שם. מילר הזכיר את בתי הספר הערביים בצפון בהם נמצא חומר מסית ואת בית הספר בצפון תל אביב שמנהלו עמד בעין סערה ציבורית לאחר שקרא לתלמידיו לפעול לסיום הכיבוש. מילר קרא למשרד החינוך לשקול בשנית את ההחלטה.
ד"ר גבי אביטל, לשעבר המדען הראשי במשרד החינוך, אמר בדיון: "למדתי בע"פ את דו"ח התשובה של משרד החינוך וראיתי שיש פער עצום. לעניות דעתי מי שדוחף את משרד החינוך על מחלקותיו השונות, זוהי מחלקת מסוימת במשרד המשפטים בעקבות הוצאתו של הספר 'תורת המלך'".עוד הוסיף כי "ראיות חסויות על פי תקדימים של בתי המשפט אינן ראיות ואם יש חשדות שיגישו כתב אישום. אני משוכנע שידחו אותן על הסף". פרופ' אביטל התייחס למנכ"לית החדשה של משרד החינוך שנכחה בדיון ואמר: "העול הזה נפל על המנכ"לית החדשה ואני חושב שלא היתה צריכה להיות כאן ולהגן על החלטת קודמה בתפקיד".
מנכ"לית משרד החינוך דלית שטאובר הגנה על החלטת המשרד וחזרה על נימוקי המנכ"ל היוצא שמשון שושני: "לא מדובר בהליך פלילי אלא בהליך מנהלי הקובע האם ראוי להעניק רישיון למוסד. היה ריבוי של הוכחות שהתלמידים במוסד היו מעורבים בפעילות אלימה מאוד כלפי תושבים פלסטינאים וכלפי כוחות צה"ל בעידוד מוריהם ואף בזמן הלימודים. המורים תמכו במסרים ואף מבנה הישיבה שימש לקידום הפעולות הללו. עלה שלא מדובר בשימוש של בודד או יחיד ורבנים השתתפו בהסתה. המידע הזה הובא בפני המנכ"ל הקודם ששקל את כל השיקולים והגיע להחלטה לא בקלות רבה, ואני למדתי את הנימוקים". שטאובר הוסיפה כי במידה שחברי הכנסת יבקשו לראות את החומר החסוי, הפורום המתאים הוא ועדת החוץ והביטחון, שם החומר יכול להיחשף".
דורית מורג, היועצת המשפטית של משרד החינוך ציינה בדיון כי לא נחשפה לכל החומר החסוי שהובא בפני מנכ"ל משרד החינוך.
ח"כ מיכאל בן ארי (האיחוד הלאומי) אשר יזם את הדיון אמר מהלך הסגירה צריך להדאיג את הדמוקרטיה הישראלית וכי זכויות האדם, חופש הביטוי וחופש העיסוק נרמסו ברגל גסה. "לא נמצא במוסד הזה שום פסול שאפשר להוכיח או להראות".
ח"כ יעקב כץ (כצל'ה) (האיחוד הלאומי): "מחר יכול לשבת במשרד החינוך מנכ"ל עם דעה שונה משל שושני ויחליט לסגור בתי ספר ערביים או בתי ספר שמלמדים בהם קומוניסטים. מזכיר את הימים השחורים של סטאלין כשאנשים נעצרו ללא הסבר בשל מידע חסוי. אם יש טענה כלפי מי המורים, ההורים או הילדים שתשמע הטענה ונטפל בזה. זה מזכיר את הסזון נגד היהודים".
ח"כ נסים זאב (ש"ס) התייחס לספר 'תורת המלך ואמר: "אומרים שב'תורת המלך' מעודדים לרצוח ערבים. אף אחד לא נפגע בעקבות קריאת הספר. התלמידים מרגישים שמתנכלים להם ומתנתקים מהם וגורמים להם לעשות ככל העולה על רוחם. זה לא נכון מבחינה מקצועית".
עו"ד יצחק בם המייצג את הישיבה טען כי הישיבה קיבלה רק שם אחד של תלמיד והוא סולק מהישיבה עוד קודם לכן בשל בעיות התנהגות. "אין לנו דרך להתמודד עם הנתונים ואין לנו דרך להפריך אותם. לפני שסוגרים מוסד צריך לתת התראה ושלושה חודשים להתמודד עם המעוות. לא קיבלנו תקופה של שלושה חודשים ולא נאמר לנו מה צריך לתקן. המפקחים של משרד החינוך כתבו המלצות חיוביות למשרד החינוך ומשרד החינוך הסתמך על המידע הסודי של השב"כ ולא על הדוחות של המפקחים שלו". עוד הוסיף כי בתי המשפט כבר הוכיחו שהם לא מתרגשים מחומר חסוי וסודי, רק מנכ"ל משרד החינוך מתרגש מהחומר החסוי. "אלמלא היה מדובר ביצהר, החלטה כזאת לא היתה מתקבלת".
ח"כ אורי אריאל (האיחוד הלאומי): "אני רוצה לבקש ממנכ"לית משרד החינוך שלא יהיו המוציאים לפועל של זרועות הביטחון ושל מה שהם חושבים. אתם לא הזרוע הארוכה שלהם. יתכבדו זרועות הביטחון להעמיד לדין כל עבריין בכל מקום כולל ביצהר ומי שמואשם בהסתה, תגישו תלונה למשטרה ואני אצטרף אלייכם. זוהי סמכותכם וחובתכם לבדוק ולא לקבל החלטה על סמך חומר חסוי שהיועצת המשפטית שלכם לא יכולה לראות כי היא לא בעלת סיווג בטחוני. אל תשתתפו במשחק הפרובוקטיבי הזה". עוד הוסיף כי הישיבה התנערה מאליצור וציין כי יבקש מהישיבה לפרסם את התנערותה בפומבי.
גדי גבריהו מנכ"ל 'באנו חושך לגרש' המייצג 19 ארגונים חברתיים ביניהם 'קולך', 'התנועה הרפורמית' ועוד, הקריא בדיון ממאמרו של הרב יוסי אליצור הקוראים לפגיעה בכוחות הביטחון ובערבים. לדבריו, כל הארגונים אותם הוא מייצג חשים שהישיבה הזאת לא רק שמחללת שם שמיים אלא עושה שימוש בתורה כאצטלה ושימוש ביהדות כדת רצחנית. "אתם חושבים שאתם עוזרים להתיישבות, אתם פשוט מחסלים את ההתיישבות?" קרא לעבר נציגי הישיבה.