מבקר המדינה קובע כי בהנחיותיו להגבלת משך הטיפול בתביעה עד הגשת כתב אישום לא בדק היועץ המשפטי לממשלה את מכלול הנתונים הנדרשים כדי להגיע להחלטותיו.
המבקר מספר כי באוגוסט 2010 פרסם היועץ המשפטי לממשלה, עו"ד יהודה וינשטיין, הנחיה בדבר "משך טיפול התביעה עד הגשת כתב אישום", שהחליפה את ההנחיה מ-2002 . ההנחיה החדשה קבעה שיש לעשות כל מאמץ על מנת להשלים את ההליכים עד לגיבוש כתב אישום (או סגירת התיק) בפרק הזמן הקצר ביותר האפשרי, ונקבעו בה פרקי הזמן לטיפול בתיק מיום קליטתו ביחידות התביעה או בפרקליטות ועד לקבלת החלטה בדבר העמדה לדין או בדבר סגירת התיק. חריגה מפרקי הזמן שנקבעו תיעשה רק בכפוף לדיווח לגורם בכיר יותר, אשר ייבחן את נסיבות התיק הספציפי ויפעיל שיקול דעת בהחלטתו אם לאשר את החריגה; על פרקליט המחוז או ראש יחידת התביעות, לפי העניין, להגיש מידי שנה דוח ליועץ המשפטי לממשלה על אישורים להארכת פרקי הזמן לרבות הנימוקים לכך. אלה פרקי הזמן שקבעה ההנחיה: בתיקי עוון - עד 12 חודשים; בתיקי פשע בעברות שדינן עד 10 שנות מאסר ובעברות מיוחדות מסוג עוון - עד 18 חודשים; בתיקי פשע בעברות שדינן מעל 10 שנות מאסר - עד 24 חודשים. עוד נקבע שכדי לאפשר למערכות השונות להיערך כנדרש ליישומה של ההנחיה החדשה, היא תיכנס לתוקף שנה מיום פרסומה, דהיינו באוגוסט 2011.
לדבריו "מטרת זירוז ההליכים אמנם נכונה ויעילה ואולם שבתהליך גיבוש ההנחיה החדשה בידי היועץ המשפטי לממשלה לא שותפו אנשי מקצוע בתחום ניתוח תהליכי עבודה וקביעת פרקי זמן מחייבים ולא כל הגורמים הנוגעים בדבר, ובהם כאלה שיש להם עניין מהותי בהנחיה וכאלה שיכלו לתרום לדיון הציבורי ולהבטיח הבאת מלוא השיקולים הרלוונטיים בחשבון: הסנגוריה הציבורית המעניקה ייצוג משפטי בשיעור ניכר של ההליכים הפליליים; לשכת עורכי הדין המייצגת את ציבור עורכי הדין; נציגים של נפגעי עברה ואנשי ציבור או אקדמיה רלוונטיים למשפט הפלילי ועוד. יתר על כן, הנושא הוסדר בהנחיית יועץ משפטי לממשלה על אף שוועדת שרים לענייני חקיקה החליטה להסדירו בחקיקה - הליך המבטיח דיון ציבורי שקוף וסדור".
עוד עלה שבמסגרת עבודת המטה שנעשתה בלשכת היועץ המשפטי לקראת גיבוש ההנחיה לא נאספו כל הנתונים הרלוונטיים, ואלה שנאספו לא היו שלמים: למשל, לא נאספו נתונים מהפרקליטות על שיעור תיקי פשע שדין העברות בהם הוא מעל עשר שנות מאסר, שהם בסמכותה הבלעדית ושנקבע לגביהם שהטיפול בהם יסתיים בתוך שנתיים, ולא על משך הטיפול השכיח בהם. אשר לנתוני התביעה המשטרתית המטפלת בכ-75% מהתיקים הפליליים - נאספו רק נתונים על שיעור התיקים מסוג פשע ועוון שהטיפול בהם הסתיים בתוך 12 ו-18 חודשים בהתאמה, ולא על משך הטיפול השכיח בהם. כמו כן התייחסו הנתונים שנאספו לזמן שחלף מקבלת התיק ביחידת התביעות ועד קבלת החלטה. הם לא התייחסו למשך הזמן שבו ממתין התיק עד שתובע מתחיל לטפל בתיק בהשוואה למשך הזמן הדרוש לגיבוש החלטה בדבר העמדה לדין או בדבר סגירת תיק. כמו כן, לא נעשתה מדידה מבוקרת של משכי הזמן הדרושים לגיבוש החלטה בדבר סיום הטיפול בתיק לפי חומרת העברה, מורכבותה והגורם המטפל בה.
בהמשך לכך גם לא מופו ולא הובאו בחשבון חסמים שעלולים לפגוע בעמידה בפרקי הזמן שנקבעו, כגון: מספר התיקים הממתינים להחלטה; מספר התיקים המורכבים; שינויים מתוכננים בחלוקת העבודה בין הפרקליטות לבין התביעה שהתנהלו באותה עת והשפעתם על העומסים בכל אחד מגופי התביעה; תהליכי עבודה לקויים או תשתיות טכנולוגיות בלתי מספקות של כל אחד מהגופים. לבסוף גם לא נעשה פיילוט לבחינת ישימות המתווה החדש וניתוח תוצאותיו לפי מטרות ההנחיה - קיצור משך הטיפול בתיקים.
בתגובה לדברים השיב היועץ המשפטי לממשלה כי ההנחיה החדשה בדבר משך טיפול התביעה עד להגשת כתב אישום מתבססת על הצעת חוק ההתיישנות משנת 2008. פרקי הזמן שנקבעו בהצעת חוק זאת אינם מבוססים על נתונים סטטיסטיים בלבד אלא גם על העקרונות העומדים בבסיס רעיון ההתיישנות במשפט הפלילי והחשיבות שבסיוג האחריות הפלילית בחלוף זמן מביצוע העברה.
עוד נמסר בתשובה לטענות המבקר כי הצעת החוק אינה מקודמת בכנסת מזה שלוש שנים ולפיכך ביקש היועץ המשפטי לממשלה להקדים ולהחיל על התביעה מגבלות לעניין משך הטיפול בתיקים, ולעגנה בהנחיה, כדי להביא לקיצור משך הטיפול ולהימנע כלל האפשר מעינוי דין.
לדברי היועמ"ש פרקי הזמן הנקובים בהצעת החוק, ביחס לתקופה הנוספת, נועדו לאפשר לגוף החוקר להשלים את החקירה ולתביעה להעמיד לדין גם באותם מקרים בהם החלה החקירה לקראת תום תקופת ההתיישנות. מאחר שההנחיה האמורה עוסקת רק בפרק הזמן שבו יטופל התיק על ידי התביעה, הרי שפרקי הזמן שנקבעו בה קצרים יותר מפרקי הזמן שנקבעו בהצעת החוק. עוד מסר כי ההנחיה היא חלק ממגמה כוללת של משרד המשפטים והיועץ המשפטי לממשלה לקיצור וייעול של הטיפול בהליכים פליליים ומתן עדיפות לגיבוש דרכים שונות להשגת יעדים אלו.
על אף תגובתו זו של היועץ אומרים במשרד מבקר המדינה מטעים כי אמנם יש לברך על פעולות משרד המשפטים והיועץ המשפטי לממשלה לקיצור וייעול ההליכים הפליליים ובכלל זה קציבת זמן להחלטת תובע להגיש כתב אישום או לסגור את התיק. אולם כדי להשיג את מטרת ההנחיה החדשה - קיצור משך הזמן הדרוש לטיפול תובע בתיק - ראוי היה לקבוע את פרקי הזמן המרביים בהסתמך על בדיקה וניתוח של כל הנתונים הרלוונטיים לנושא בתביעה המשטרתית ובפרקליטות. וזאת בשים לב לעקרונות העומדים בבסיס רעיון ההתיישנות במשפט הפלילי והחשיבות שבסיוג האחריות הפלילית בחלוף זמן מביצוע העברה.