ניצן אלון עם האלוף אבי מזרחי, אותו יחליף בפיק
ניצן אלון עם האלוף אבי מזרחי, אותו יחליף בפיקחגי הוברמן

מינויו של ניצן אלון לאלוף פיקוד המרכז הוא החלטה אישית של שר הביטחון אהוד ברק. עמדת הרמטכ"ל לא נשמעה בנושא, והוא שימש רק כחותמת גומי – כך אומר גורם בפיקוד המרכז בשיחה עם 'ערוץ 7'.

זאת למרות שבהודעת דובר צה"ל נכתב כי "ברק אישר מינויים עליהם החליט ראש המטה הכללי, רב-אלוף בנימין (בני) גנץ". למען הדיוק, אומר גורם צבאי, היה צריך לכתוב שהרמטכ"ל קיבל בהכנעה את החלטת שר הביטחון.

גורמים צבאיים אומרים שהיה זה סוד גלוי, שניצן אלון היה בשנים האחרונות חביבו של שר הביטחון, שראה בו את מי שיבצע את מדיניות השר בנושא ההתיישבות ביו"ש מתוך הזדהות מלאה, כולל הקפאת ההתיישבות, והפעילות נגד המאחזים.

על אף שמאז סיים אלון את תפקידו הקודם כמפקד אוגדת איו"ש דובר על האפשרות שהוא ימונה לאלוף פיקוד המרכז, ההחלטה הפתיעה רבים בצה"ל. גורמים צבאיים אומרים שמינוי אלוף פיקוד מרחבי (בעיקר צפון או מרכז. בפיקוד הדרום יש לכך תקדימים) כתפקיד ראשון של אלוף הוא דבר חריג בצבא, והתקדימים לו מעטים. בדרך כלל אלופים מתחילים מקבלים תפקידי מטה – ראשי אגף או מפקדי זרוע היבשה - לפני שהם מקבלים אחריות של פיקוד.

גם מינויו של האלוף שי אביטל כראש מפקדת העומק בצה"ל, הינה החלטה אישית של שר הביטחון. אביטל אמנם לא יעסוק בתפקידו החדש בתחומים הקשורים ליו"ש, אבל דעותיו הפוליטיות המזוהות עם השמאל ידועות גם הן. ברק החזיר את אביטל מהאזרחות. לקראת הבחירות לכנסת השבע עשרה, שובץ אביטל במקום ה-39 ברשימת מפלגת קדימה, ולא נבחר לכנסת. ב-19 ביולי 2006 מונה בידי ממשלת קדימה למנכ"ל המשרד להגנת הסביבה ושימש בתפקיד זה עד תום כהונת הממשלה, באפריל 2009.

עם זאת, בצה"ל מזכירים שרוב זמנו של אלוף פיקוד מוקדש למלחמה בטרור ולמשימות ביטחון, ולא לטיפול בהתנחלויות. "גם כמפקד אוגדה, עיקר זמנו של אלון הוקדש לביטחון, ולא למאחזים" – אומר גורם צבאי.

כשאלון סיים את תפקידו הקודם כמפקד אוגדת איו"ש, הוא הודה שהטבח של משפחת פוגל באיתמר היה גם כישלון אישי שלו.