לפי הערכת גורמי צבא שנחשפו לפרטי המחדל, נראה כי כנופיית בני מיעוטים שפועלת לגניבת מתכות באזור, היא זו שעומדת מאחורי גניבת הפגזים. ההערכה היא שחברי הכנופיה הצליחו להתחקות אחר השמירה הלקויה סביב הבסיס ובאופן שיטתי ולאורך זמן נהגו לחדור לבסיס מתחת לגדרות ולהוציא פעם אחר פעם את שלל הפגזים, מבלי להותיר סימני פריצה מעוררי חשד.
עוד התברר כי חלק ממתחמי הארגזים שהכילו את הפגזים היו מכוסים ביריעות קשיחות ובשל כך בדיקתם נעשתה באופן שטחי ולא בצורה יסודית כמתחייב בנהלים.
מדובר צה"ל נמסר: "בנושא מתנהלת חקירת מצ"ח, שבסיומה יעוברו ממצאיה לחוות דעת של הפרקליטות".
גורם בכיר בפיקוד דרום אמר כי "בנגב פועלות מספר כנופיות של גנבי מתכות. ככל שהאחיזה של צה"ל בגבול ישראל-מצרים מתגברת ויש האצה בבניית הגדר, כך הכנופיות מגבירות את מכת הגניבות נגד בסיסי צה"ל. זה החל בכדורי תחמושת שנגנבים ממטווחים, עבר לגניבת חלקי גדרות ועכשיו לתחמושת יקרה ומסוכנת. מצב אבטחת כלל הבסיסים בדרום דורש חשיבה מחודשת".