הרב מרדכי אלון הגיש לבית משפט השלום בירושלים את כתב ההגנה במשפטו, במסגרתו הודה הרב בחלק מעובדות כתב האישום שהוגש נגדו, אך כפר בפרשנות העובדות אשר הובילה לאישומים נגדו.
לפני כשלושה חודשים הגישה הפרקליטות כתב אישום נגד הרב מוטי אלון בעקבות חקירת המשטרה שנפתחה לאחר חשיפת פורום תקנה בעניינו.
כתב האישום מייחס לרב אלון שני אישומים בגין עבירות שבוצעו בשני קטינים, במספר הזדמנויות, בשנים 2003 ו-2005. באישום הראשון מואשם הרב אלון בביצוע מעשה מגונה בכח במתלונן, בשתי הזדמנויות נפרדות, ובאישום השני בביצוע מעשה מגונה בקטין תוך ניצול יחסי מרות בשתי הזדמנויות שונות.
נזכיר כי הפרשה החלה לאחר שפורום 'תקנה' פרסם גילוי דעת, לפיו הרב אלון ביצע מעשים שאינם ראויים, ולאחר מכן לא עמד בהגבלות שהוטלו עלוי בעקבות כך.
הפרסום, אשר נגע למעשים אשר חלה לגביהם התיישנות ולחילופין דברים שאינם נופלים בגדר המשפט הפלילי, הוביל לעדויות נוספות שהגיעו למשטרה ולפורום ואשר הביאו לפתיחתה של חקירה פלילית בנושא.
חקירת המשטרה הסתיימה בהמלצה על הגשת כתב אישום, זאת בעוד הרב ומקורביו מכחישים באופן עקבי כל מעשה פסול מצידו של הרב.