ממשלת קנדה ביטלה בתחילת פברואר 2012 את ההסכם עם "הבית הפלסטיני", במסגרתו הועברו מדי שנה 2.4 מיליון דולר עבור מימון פעילויות שונות, ובהן לימודי השפה האנגלית, עבור מהגרים ערבים שהשתקעו בקנדה. "הבית הפלסטיני", נחשב לארגון המייצג את הקהילה הפלסטינית בקנדה, והוא פועל במישור הפוליטי בתמיכה במימוש כל זכויות העם הפלסטיני, כולל שיבת הפליטים לבתיהם בישראל, ובמישור החברתי והתרבותי לגיבוש הקהילה הפלסטינית ולסיוע למהגרים החדשים.
בהודעה רשמית שפרסם ביום שלישי (14.2.12) מסר "הבית הפלסטיני", כי התקבלה החלטה על הפסקת הסיוע הפדרלי לארגון, שמשרדיו ממוקמים במיסיסוגה, ולפיכך לא יספק עוד הבית הפלסטיני שירותים עבור המהגרים החדשים להסתגלות קלה בחברה והוא צפוי לפטר 20 עובדים, ובהם צוות מורים, אנשי מנהלה ועובדים בפעוטונים.
"הבית הפלסטיני" מאשים את ממשלת קנדה בהתנכלות מכוונת. "ההחלטה לא התקבלה משום בחינת היעילות של השירותים שניתנו", נאמר בהודעת הארגון. "מדובר במהלך מתואם, אם לא בקמפיין, המובל ע"י מר (ג'ייסון) קני והממשלה הקונסרבטיבית, שתכליתו לרדוף את הארגונים הקנדיים, אשר פועלים או מצדדים בזכויות האדם הבסיסיות של העם הפלסטיני. בקמפיין ההשתקה הזה, כל קבוצה המדברת בעד הפלסטינים או בעד זכויותיהם אוטומטית מסומנת כתומכת בקיצוניות".
סמיר ג'אבור, דובר "הבית הפלסטיני" ציין כי בתכתובת עם השר ג'ייסון קני הבהיר הארגון כי הוא מגנה באופן קטגורי את הטרור על כל צורותיו ואת הקיצוניות. לדבריו, עמדות "הבית הפלסטיני" בנוגע לסכסוך הישראלי-פלסטיני עומדות בקנה אחד עם הערכים האוניברסליים של זכויות האדם כפי שעוגנו בהצהרת זכויות האדם ובאמנת זכויות האדם והחירות של קנדה, והן אף קרובות מאוד לעמדות של הממשלה כפי שהן מבוטאות באתר האינטרנט שלה.
"פעם נוספת הוכיחו השר קני וממשלת קנדה לציבור הקנדי, שהם מובלים רק ע"י גישה אידאולוגית מוטה... ולא על פי שלטון החוק", אמר ג'אבור, אשר הדגיש כי הבית הפלסטיני מביע תמיכה בכל העמים המדוכאים בעולם, כולל הילידים בקנדה, וכי הארגון לא יטה כהוא זה מתמיכתו בעם הפלסטיני ובזכויותיו למרות מאמציו של השר קני להשתיקו. "הבית הפלסטיני, פנה לשר קני לשקול מחדש את החלטתו וקרא לציבור הקנדי לשלוח מסר של תמיכה בזכויות הלגיטימיות של העם הפלסטיני למשרד ההגירה ולחברי הפרלמנט באזורם.
בקיץ 2010 דיווח העיתון "גלוב אנד מייל" על חקירה של המשטרה הפדרלית אודות פרשת הונאה, בה מעורבים מאות מהגרים ערבים בקנדה אשר שרבבו את "הבית הפלסטיני" לפרשה. כ-300 מהגרים מסרו למשרד ההגירה את כתובת "הבית הפלסטיני" כמקום מגוריהם, בעוד הם חזרו לארצות מוצאם ויצרו רושם כאילו נותרו מתגוררים בקנדה. דיווח השקר נעשה לצורך עמידה בתנאים לקבלת אזרחות קנדית לאחר שלוש שנים.
ממשלת קנדה הקונסרבטיבית בראשותו של סטיבן הרפר מאמצת מדיניות התומכת באופן בלתי מסתייג בישראל. שר החוץ הקנדי, ג'ון בירד, אמר לאחרונה בביקורו בישראל (30.1.12), כי קנדה היא הידידה הטובה ביותר של ישראל, בהיותה מגלמת ערכים משותפים לקנדה ובהם חירות, דמוקרטיה, זכויות אזרח ושלטון חוק. בירד הדגיש, כי קנדה תוסיף לעמוד לימינה של ישראל נוכח האיומים והאתגרים העומדים בפניה בעקבות האביב הערבי, הן הצבאיים והן במסגרת קמפיין הדה לגיטימציה, אותה כינה "האנטישמיות החדשה".
הבלוג blazingcatfur (בכתובת האינטרנט http://blazingcatfur.blogspot.com) מפרט על רקע החלטת משרד ההגירה את מעורבות "הבית הפלסטיני" בפעילות אנטי ישראלית במהלך השנים האחרונות, כמפורט להלן.
בשנת 2002 התייחס ראשד סאלח, הנשיא לשעבר של הבית הפלסטיני, בספקנות להתרחשות בשואה והשווה בין ממשלת ישראל לבין המשטר הנאצי, באומרו כי "הישראלים מעורבים בפשעים הדומים לאלה שהיטלר ביצע".
אדם הניה ורפיף זיאדה, חברי ההנהלה של "הבית הפלסטיני", חברים גם ב"קואליציה נגד האפרטהייד" (CAIA), ובשנת 2006 הם הטיפו למען הטלת חרם של איגוד העובדים של אונטריו על ישראל. זיאדה האשים את ישראל בטיהור אתני, אפרטהייד ומצדד בשיבת הפליטים הפלסטינים וצאצאיהם לישראל.
אליאס הזינה, לשעבר נשיא הבית הפלסטיני וכיום חבר הנהלת הארגון, גינה בעצרת בטורונטו בשנת 2006 את פעולת צה"ל נגד חיזבאללה ושיבח את חיזבאללה וחמאס.
בעקבות יום האדמה ב-2007 הבית הפלסטיני פרסם הודעה, בה נאמר בין היתר: "חובה על העמים הפלסטיני והערבי בכל העולם להישאר איתנים בדרישה לשחרור העם הפלסטיני, לשיבת הפליטים הפלסטינים, לשיבת האדמה הערבית הגזולה לבעליה החוקיים. ההצלחה של אירועים כאלה ביום האדמה השנה מלמדת עד כמה הדרישות הללו אינן חלום אוטופי וכי נפילת השהידים שלנו לא הייתה לשווא".
ביוני 2007 קרא "הבית הפלסטיני" לחרם על סניפי רשת Chapters Indigo ולנתק את הקשרים עם "האפרטהייד הישראלי".
באוקטובר 2007 גינה הבית הפלסטיני את תמיכת קנדה בסגר על רצועת עזה ואת מאמציה של קנדה להביא את אבו מאזן לוותר על "הזכויות ההיסטוריות" של העם הפלסטיני עבור משטר "האפרטהייד הישראלי".
באוקטובר 2007 חתם "הבית הפלסטיני" על "הצהרת המילטון", שהיא בבחינת מכתב פתוח לאבו מאזן המגנה את המו"מ באנפוליס, דוחה את רעיון שתי המדינות ומתנגד לישראל כמדינה יהודית.
הבית הפלסטיני השתתף ב-2008 בפעילויות לציון 60 שנה ל"נכבה" אותה הגדיר "טיהור אתני של פלסטין".
בפברואר 2008 קיים "הבית הפלסטיני" אירוע לזכרו של ג'ורג' חבש, המייסד והמנהיג של החזית העממית לשחרור פלסטין, המוגדר ארגון טרור בקנדה. בקשת האזרחות של עיסאם אל-ימני, המנהל של הבית הפלסטיני, נדחתה בגלל חברותו בחזית העממית לשחרור פלסטין.
במרץ 2008 ויחד עם ארגונים ערביים אחרים ארגן "הבית הפלסטיני" תחרות כתיבת מאמר בבתי ספר תיכונים ובאוניברסיטאות על "הטיהור האתני של פלסטין".
במאי 2008 קיים "הבית הפלסטיני" תהלוכה בטורונטו הקוראת לשים קץ ל"כיבוש" ול"אפרטהייד" הישראלי ולשיבת הפליטים הפלסטינים.
בינואר 2009 ארגן "הבית הפלסטיני" תהלוכת מחאה בטורונטו בה הונפו דגלי חיזבאללה ונשמעו קריאות אנטי ישראליות בוטות. הבית הפלסטיני נתן חסות באופן רשמי לשבוע האפרטהייד הישראלי ומקדם אותו במישור הציבורי.
במרץ 2009 אירח הבית הפלסטיני את עירכמה סברי כנואם מרכזי באירוע לציון "יום האדמה". סברי כיהן בעבר בתפקיד המופתי של ירושלים, והתפרסם בין היתר בפסק הלכה שהתיר את פיגועי ההתאבדות נגד ישראל.
חאזם ג'מג'ום, לשעבר חבר הנהלה של "הבית הפלסטיני", משמש איש יחסי ציבור בארגון "בדיל" הפועל למימוש זכות השיבה.
"הבית הפלסטיני" עמד באפריל 2009 בחזית של הקמפיין שקרא להחרים את מגילות קומראן, שהוצגו במוזיאון של אונטריו, בטורונטו.
בספטמבר 2009 השתתף נשיא "הבית הפלסטיני" באירוע "יום אל-קודס" בטורונטו, בו נישאו נאומים, בהם תוארה ישראל כ"סרטן".
במרץ 2010 אירח "הבית הפלסטיני", במסגרת אירוע לציון "יום האדמה", את עבד אל-בארי עטוואן, עורך העיתון אל-קודס אל-ערבי. עדוואן אמר ב-2007 את הדברים הבאים: "בעזרת אללה (איראן) תתקוף גם את ישראל. אם הטילים האיראניים יפגעו בישראל בעזרת אללה אני אלך לכיכר טרפלגר וארקוד בשמחה, אם האיראנים יתקפו את ישראל".