בקיץ 2010 הוחל בפרויקט מתמשך לפיתוח, לשימור ולחפירות ארכיאולוגיות בתל שילה מטעם קמ"ט ארכיאולוגיה, בסיוע המועצה האזורית מטה בנימין ועמותת שילה הקדומה.
בפרויקט נוטלים חלק קבוצות מתנדבים של תלמידי תיכון, של מכינות קדם צבאיות ושל מתנדבים מחו"ל לצד פועלים מקומיים של קמ"ט ארכיאולוגיה.
פרטים על התגליות האחרונות בחפירות אלה ייפרסו על ידי מיכל הבר מטעם קמ"ט ארכיאולוגיה בפני באי הכנס ה-22 למחקרי יהודה ושומרון שיתקיים ביום חמישי הקרוב במרכז האוניברסיטאי יהודה ושומרון באריאל.
בעונת החפירות השנייה שהתקיימה בין יוני לנובמבר 2011, התרכזה החפירה במדרון הדרום-מערבי של התל. בשטח המכונה N1 שבאזור זה נחשפו שרידים של שני מבנים גדולים שסמטה רחבה מפרידה ביניהם. המבנים מתוארכים לשלהי התקופה הביזנטית (מאה שישית לספירה). מאוחר יותר המשיכו מבנים אלה לשמש, תוך מספר שינויים ותוספות, במהלך התקופה המוסלמית הקדומה וננטשו בתקופה הממלוכית. המבנים בנויים בחלקם על גבי שרידים קדומים מימי בית שני ותקופת הברזל 2.
הבר מציינת כי בשלב זה לא ניתן להגדיר בבירור מה היה אופיים של המבנים הקדומים. לעומת זאת, המבנים המאוחרים זוהו כחלק משכונת מגורים, שככל הנראה, נבנתה בזיקה ל'קריית הכנסיות' שבה נחשפו שתי כנסיות ביזנטיות הממוקמות כ-50–100 מטר מדרום.
עוד מספרת הבר כי המכלול התוחם את הסמטה ממערב נחשף כמעט בשלמותו. בשלבו הראשון נבנה ה'גרעין הקדום' המתוארך לסוף התקופה הביזנטית ומכיל יחידה מלבנית עם שורה של חדרים מרוצפים ומגדל רבוע קטן בעל פתח מרשים לאבן גולל. לאחר מכן, במהלך התקופה המוסלמית הקדומה (מאה שביעית) נבנו אגפים חדשים מצפונו ומדרומו. במאה השביעית לספירה נבנה מבנה נוסף ואתו הסמטה שהפרידה בינו לבין המבנה הראשון.
המבנה שחפירתו טרם הושלמה, הכיל שלושה חדרים לפחות. בחדר הדרום-מערבי התגלה בית בד מטיפוס קורה ומשקולות. בבית הבד נמצאו אלמנטים קדומים ששימשו בבית הבד, והמעידים על קיומם של בתי בד קדומים יותר.
החפירות הארכיאולוגיות בעבר חשפו בעיקר מבני ציבור (חומת העיר, מחסנים וכנסיות). הבר מציינת כי "חשיפת שכונת המגורים שופכת אור חדש על עברו של היישוב ועל היכולת להבין את מרקם חיי היום יום בשילה הקדומה. תוצאות החפירה של העונה האחרונה מוסיפות נדבך חשוב לחקר היישוב בשילה ובחבל בנימין בתקופות הביזנטית והמוסלמית הקדומה".