ראשי האוניברסיטאות אינם נואשים מאמציהם לסכל את הקמתה של אוניברסיטת אריאל ולאחר שכשלו מאמציהם לשכנע את שר החינוך שלא לאפשר את המהלך הם בוחרים לפנות לאלוף פיקוד המרכז בבקשה שיבלום הוא את המהלך.
כזכור, אישורו הסופי של מהלך שידרוג המרכז האוניברסיטאי באריאל לאוניברסיטה מחייב את חתימתו של אלוף הפיקוד הריבון בפועל בשטחי יהודה ושומרון. לפי שעה עדיין לא חתם האלוף ניצן אלון על האישור, וכדי למנוע את המהלך פונים אליו ראשי האוניברסיטאות בבקשה שלא יהיה חותמת גומי, כלשונם, להחלטות הממשלה.
במכתב שתקציר תוכנו פורסם ב'הארץ' נאמר: "אנו מפצירים בך לנהוג על פי דין, להפעיל את שיקול דעתך, לא להוות 'חותמת גומי' ולא לאשר את החלטת מל"ג יו"ש, ובכך לתקן את המעוות ולהציל את עתיד המחקר בישראל".
על פי הדיווח המכתב עליו חתומים כל ראשי האוניברסיטאות בראשות הפרופ' רבקה רמי מתפרס על פני 13 עמודים בהם הם מנמקים את עמדתם בסוגיה וכותבים: "החלטה זו של מל"ג יו"ש פגומה מן היסוד - היא התקבלה בחוסר סמכות, מבלי שקדם לה הליך בדיקה ראוי ויסודי בדבר הצרכים המדעיים של מדינת ישראל והקריטריונים להכרה המבוקשת, מתוך שיקולים בלתי ענייניים ותוך התעלמות משיקולים רלוונטיים, ובניגוד לעמדה המקצועית המחייבת של הוועדה לתכנון ותקצוב (ות"ת) בדבר הצרכים התכנוניים והתקציביים הרחבים של מערכת ההשכלה והמחקר בישראל".
לדבריהם "השפעת מל"ג יו"ש חורגת "מן ה'אזור' עליו מופקדת מל"ג זו. ההחלטה מתעלמת מהשאלה המקדמית ביותר: האם צריך וניתן להקים עוד אוניברסיטת מחקר בישראל? הסמכות להשיב לשאלה זו נתונה באופן בלעדי למל"ג ישראל ולות"ת. מל"ג יו"ש אינה סמכות לקבלת החלטות בעלות השלכות רוחב על מערכת ההשכלה הגבוהה בישראל. גם אם אכן היה נמצא כי יש מקום לאוניברסיטה נוספת, ההליך צריך היה להתבצע בצורה שוויונית, פתוח בפני שלל המוסדות".
ואף נימת איום מרומז ניתן למצוא במכתבם של ראשי האוניברסיטאות הכותבים לאלוף אלון כי במידה ויחליט לאשר את "ההחלטה הפגומה של מל"ג יו"ש", כלשונם, הרי שההחלטה תהיה "נגועה בפגמים החמורים". לדבריהם "על פי חוות דעת משפטית שקיבלנו, קבלת החלטה על הקמת אוניברסיטה ביו"ש מהווה חריגה משמעותית מתפקידו של המפקד הצבאי, באשר היא בעלת השלכה משמעותית על מדינת ישראל, מחד גיסא, והשלכה זעומה על אזור יו"ש מאידך גיסא".
נזכיר כי במכתבים קודמים ששיגרו ראשי האוניברסיטאות לראש הממשלה ולשר החינוך טענו כי הכרה במרכז האוניברסיטאי אריאל כאוניברסיטה תפגע פגיעה אנושה במערכת ההשכלה הגבוהה בישראל בכלל, ובאוניברסיטאות בפרט. את ביקורתם מיקדו בסוגיית התקציבים.
במכתבם לנתניהו קבעו כי לאחר שנות תת תקצוב, כהגדרתם, קיימת כיום עדנה אקדמית ואין לקטוע את התקופה הזו עם נטל כלכלי חדש ונוסף על כתפי התקציב האקדמי. "לאחרונה, בהנהגת ממשלתך, התחילה לנשב רוח מבורכת של שינוי, בהשקעה בהשכלה הגבוה בישראל". כעת לטעמם "היוזמה להקמת אוניברסיטה נוספת, שמינית במספר, מנוגדת לחלוטין לרוח זו, שכן אין שום צורך אמיתי באוניברסיטה נוספת בישראל. צעד זה יוביל לפגיעה קשה ביכולת של האוניברסיטאות הקיימות להשתקם מ'העשור האבוד' ובעצם יחזיר אותן שנים אחורה".