שופטי בג"ץ, עדנה ארבל, יורם דנציגר ואורי שוהם דחו את עתירת תנועת נאמני הר הבית לפרסם באופן מלא את ממצאי דו"ח המבקר בנושא הפיקוח על העבודות בהר הבית.
תנועת "נאמני הר הבית" טענה בעתירתה, כי במערכת האיזונים בין זכות הציבור לדעת וחובת הביקורת הציבורית והפרלמנטרית על פעולות הממשל, לבין שמירה על ביטחון המדינה ועל יחסי החוץ שלה, ראוי כי זכותו של הציבור תיסוג רק מקום בו קיים חשש ממשי ברמה של "ודאות קרובה" לפגיעה קשה בביטחון המדינה.
התנועה הוסיפה, כי כי בנסיבות העניין מבחן זה לא מתקיים, נוכח עמדת שירות הביטחון הכללי לפיה אין מניעה ביטחונית מפרסום חוות הדעת.
ועדת הכנסת לביקורת המדינה טענה מנגד באמצעות יועמ"ש הכנסת, אייל ינון, כי ההחלטה שלא לפרסם את חוות הדעת במלואה עומדת במבחני הסבירות והמידתיות. לטענת ינון, ההחלטה התבססה בעיקרה על הרגישות המיוחדת שמעוררת סוגיית הר הבית והחשש מפני פגיעה בביטחון המדינה וביחסי החוץ שלה. עוד נאמר בתגובה לעתירה, כי ועדת המשנה לא הטילה חיסיון מלא על חוות הדעת, אלא התירה לפרסם את הרקע לעריכתה וכן תמצית הכוללת התייחסות לעיקרי הממצאים בחוות הדעת.
בהחלטתו אימץ השופט דנציגר את עמדת העותרים לפיה רק במקרה של "ודאות קרובה" לפגיעה בבטחון המדינה ויחסי החוץ ניתן לאסור על פרסום דו"ח של מבקר המדינה, אולם החליט לדחות את העתירה.
"לאחר שעיינתי בחוות הדעת ובפרוטוקולים החסויים של ישיבות הועדה, התרשמתי כי החלטת הועדה שלא לפרסם את חוות הדעת, למעט תמציתה, הינה סבירה ומידתית בנסיבות העניין. בפרט, נחה דעתי כי גילוי חוות הדעת מקים חשש ברמה של ודאות קרובה לפגיעה ממשית ביחסי החוץ של המדינה ובביטחונה", קבע השופט.
השופט הוסיף, כי גם עמדת השב"כ שלא התנגד לפרסום אינה משנה את התמונה, בין השאר לאור עמדת המשטרה השונה. השופט הוסיף כי "עמדת שירות הביטחון הכללי אינה עוסקת בהשלכות האפשריות של פרסום חוות הדעת על יחסי החוץ של המדינה. בסוגיה זו הביע משרד החוץ עמדה מנומקת המתנגדת לכל פרסום של חוות הדעת, אשר כאמור נתקבלה על ידי הועדה".