מכון המחקר NGO Monitor תוקף בחריפות את הפרשנות שמעניק ארגון 'שוברים שתיקה' לפעילות צה"ל ביהודה ושומרון, וקובע כי מדובר בארגון המסתיר, בניגוד לחוק, מימון המגיע אליו מגורמים זרים.
מכון המחקר מתייחס לקמפיין הבינלאומי המאסיבי של 'שוברים שתיקה' ובו מותקף צה"ל תוך שהארגון עושה, כדרכו, שימוש במה שנחזה כעדויותיהם של חיילי צה"ל ומפקדים על פעילותם שלהם נגד האוכלוסיה האזרחית הערבית ביו"ש, פעילות המתוארת כפשעי מלחמה.
כבר בעבר הציג NGO Monitor דו"חות ולפיהם "ארגון 'שוברים שתיקה' מציג את הסכסוך באופן מעוות, באמצעות פרסום "עדויות" של לוחמי צה"ל לשעבר. המסגרת והפרשנות לעדויות אלו הינן מסולפות ומוטות, והאג'נדה הפוליטית של בכירי הארגון מכתיבה את ניצולן לרעה".
עוד נקבע בדו"חות המוקדמים, דו"חות המתבססים על חקר ארוך ומעמיק של פעילות 'שוברים שתיקה' כי "הארגון מתעלם לחלוטין מהמורכבות המוסרית של פעילות צה"ל בגדה המערבית, ומציג את צרכי הביטחון של ישראל נוכח מתקפות טרור ככאלו הנועדים "להעניש, להרתיע, או להדק את השליטה על האוכלוסייה הפלסטינית", וכן להטיל 'אימה, ולהעניש באופן בלתי מבחין את האוכלוסייה הפלסטינית'".
לדברי חוקרי NGO "האידיאולוגיה המובהקת של הארגון באה לידי ביטוי בהתעלמותו מהציבור הישראלי, ובניסיונותיו לגרום להפעלת לחץ חיצוני על ישראל באמצעות קמפיינים בחו"ל ואיומים בהליכים משפטיים. בשנים האחרונות, נציגי הארגון הופיעו בפרלמנט האירי, באירוע בהולנד, בארה"ב אל מול דיפלומטים מפקיסטן ומאיחוד האמירויות, וקיימו תערוכת תמונות והשקת ספר בגרמניה ובאוסטרליה, זאת בנוסף לפעילותם הבולטת בקמפוסים רבים ברחבי ארה"ב".
כאמור, אנשי מכון המחקר מאשימים את 'שוברים שתיקה' בהסתרת מקורות המימון של פעילותם. "למרות שהארגון לא דיווח על תרומות ממדינות זרות כנדרש ב"חוק חובת גילוי לגבי מי שנתמך על ידי ישות מדינית זרה", לפי אתר האינטרנט של הארגון, פעילות זו מתאפשרת בזכות תרומות ישירות ועקיפות מממשלת נורבגיה, ספרד, האיחוד האירופי, הולנד (דרך ICCO) ואירלנד (דרך טרוקרה). מימון פרטי מגיע בין היתר מהקרן החדשה לישראל ומכון החברה הפתוחה של ג'ורג סורוס".
פרופסור ג'ראלד שטיינברג, נשיא NGO Monitor אמר כי "מטרתו המוצהרת של הארגון היא 'להעלות את המודעות למציאות היום יומית בשטחים וליצור שיח ציבורי'. בניגוד לכך, בעזרת המימון רחב ההיקף מצד מדינות אירופיות, הארגון מפיץ את משנתו הפוליטית ברחבי העולם, מנצל את הדילמות המוסריות שעמן מתמודדים לוחמי צה"ל מדי יום ובכך תורם לקמפיין הדה-לגיטימציה נגד ישראל".
"כל הפרה של ערכי צה"ל ושל חוקי המדינה ראויה לגינוי ויש למצות עמה את הדין" מוסיף ומציין שטיינברג, "למרות זאת, מתן עדויות בפני ארגון שוברים שתיקה אינו פוטר את הנוגעים בדבר מאחריות פלילית ומוסרית לעברות המיוחסות להם, וממחויבותם לדווח על תקריות בערוצים רשמיים כפי שמחייב הקוד האתי של צה"ל. הדגש על פורומים בינלאומיים מעיד כי מטרות פוליטיות, ולא מוסריות, הן שמנחות את הארגון".