החלטת האיחוד האירופי להחרים מיזמים הקשורים ביהודה ושומרון בדרך כזו או אחרת מציבה בפני ראש הממשלה נתניהו התלבטות קשה, בה עליו להכריע אם לצרף את ישראל לפרויקט המחקר והפיתוח של האיחוד האירופי ובכך לקבל את התכתיב האירופי, או לוותר על הכללת ישראל בפרויקט ובכך לכאורה לוותר על תמיכה של מאות מיליונים במחקרים ישראליים.
אל מול הלבטים הללו שוגר לראש הממשלה נתניהו, כמו גם לשרים בנט ופרי ולסגן שר החוץ מכתבו של יו"ר חוג הפרופסורים לחוסן מדיני וכלכלי, הפרופ' אריה אלדד, ובו נקבע כי התמיכה האירופית במחקר הישראלי אינה שווה את הויתור על עקרונותיה המדיניים של ישראל. בראיון ליומן ערוץ 7 מסביר פרופ' אלדד את עיקרי תוכן מכתבו.
בראשית דבריו מזכיר אלדד כי אמנם האירופים מעניקים לישראל כספי מחקר אך מנגד נותנת ישראל את חלקה במענקים הללו ולא פעם חלקה של ישראל גדול יותר מהסכומים שהיא מקבלת. פרט בעייתי נוסף הוא העובדה שתמורת המענקים האירופים מחזיק האיחוד האירופי בזכות לקבוע מי יהיה שותף במחקרים ומאלו מוסדות יהיו החוקרים השותפים. עובדה זו גורמת לעיתים להעדפתם של מכוני מחקר מדרגות נמוכות על פני המוסדות המובילים רק משום שהאיחוד האירופי מעוניין לקדמם מסיבותיו הוא. התוצאה היא שכספי האירופים לא בהכרח מביאים להעלאת ערך המחקר.
פרופ' אלדד מציין בדבריו כי אופיים של המחקרים האירופים הוא יישומי ומיועד למציאת פתרונות לטווח קצר בעוד אלו של ישראל וארה"ב הם מחקרי עומק שתכליתם הטווח הארוך, ואכן כל פרסי הנובל שקיבלו ישראליים ניתנו על מחקרי עומק בעלי משמעות ארוכת טווח.
במכתבו כותב אלדד לנתניהו ולשרים: "ראשית, מדעני אירופה המעוניינים בשיתוף פעולה עם ישראל ימצאו דרכים לשיתוף פעולה והן רבות. שנית, מדיניות הארגון האירופי הכופה שיתוף פעולה בין קבוצות מחקר כתנאי למימון מחייבת מדענים ישראליים עצמאיים היכולים לנהל מחקר עצמאי להתחלק בתוצאותיו עם שותפים שלא בהכרח מעלים את איכות המחקר ובמקרים רבים השיתוף הכפוי גורם לירידה בתוצר לעומת ההשקעה. שלישית, ככל שהמדען חופשי יותר בבחירת נושאי מחקריו כך גדל הסיכוי לחידושים גדולים יותר בעוד שהשותפויות הכפויות על ידי מדיניות ניהול המחקר מקטינות את העצמאות. רביעית, מדיניות המדע של הארגון האירופי המסורבל אינה בהכרח מתאימה לכיווני הפיתוח של המדע המתאימים ביותר לצרכי המדינה והחברה בישראל. קיים כאן מצב אבסורדי: ממשלת ישראל משקיעה כספים רבים במחקר מדעי ומוסרת את הסמכות לניהול מדיניות המחקר בידי זרים שצרכי המחקר של מדינת ישראל בכלל לא עומדים לנגד עיניהם".
על חשיבות המכתב אומר אלדד כי בממשלה ישנם אמנם כאלה הרואים בארץ ישראל פיסת נדל"ן הניתנת למיקוח, אך יש גם כאלה שארץ ישראל חשובה להם כערך, וחשוב לתת בידיהם את הכלים להתמודד עם טענות הצד שמנגד. "יש קולות לא מעטים בממשלה שתומכים בהתנגדות תקיפה והצבת קו אדום לאירופים. הם זקוקים לסיוע".
אלדד אינו מקבל את התחושה לפיה מכתבו של חוג הפרופסורים צריך חיזוק נוסף מגורם אקדמי כלשהו: "אנחנו האקדמיה. יש לנו 500 חברים בחוג הפרופסורים ומדובר בחברים מתחומי מדעי הטבע המדויקים. אנחנו מייצגים לדעתי את הרוב הדומם שמושתק בידי מיעוט ששולט ומטיל את אימתו. אין לי ספק שאנחנו מייצגים את האקדמיה. אנחנו צריכים כעת תמיכה מהמערכת הפוליטית", הוא אומר וקורא לשרי וחברי הכנסת של 'הבית היהודי' להתנות את תנאיהם העקרוניים גם בסוגיית החרמת יו"ש ואיחוד האירופי כשם שידעו לעשות זאת בסוגיות אחרות.