תנועת חמאס מביעה התנגדות לתקיפה אפשרית של ארה"ב בסוריה. בהודעה שפרסמה התנועה (3 בספטמבר) נמסר, כי היא דבקה ב"עמדתה העקרונית השוללת כל תוקפנות או התערבות צבאית חיצונית בסוריה ובמדינות הערביות והאסלאמיות".
לצד זאת, גינתה תנועת חמאס את "מעשי הטבח" שבוצעו בעם הסורי בשנתיים וחצי האחרונות ו"בפרט הטבח הנתבע האחרון שבוצע בנשק כימי באזור אל-ר'וטה".
הודעת חמאס עולה בקנה אחד עם עמדתם של הארגונים האסלאמיים הקיצוניים בסוריה, שאף הם מתנגדים לפעולה צבאית אמריקנית בסוריה, בה הם רואים מזימה שנועדה למעשה לשרת את האינטרסים של ישראל, ולהערכתם לאחר תקיפה זו הם עצמם יהיו מטרה צבאית.
תנועת האחים המוסלמים בסוריה הסבירה, כי היא מתנגדת לפעולה צבאית מתוך הערכה, כי היא עלולה להשיג תוצאה הפוכה מהמקווה ולהביא לחיזוק כוחו של משטר אסד. האחים המוסלמים הביעו תמיכה באכיפת אזור אסור לטיסה במרחב האווירי הסורי, קביעת אזורי ביטחון עבור האוכלוסייה והעברת סיוע בנשק איכותי למורדים.