סמנכ"ל לענייני מנהל במשרד מבקר המדינה מאשים את המבקר, יוסף שפירא, ומנכ"ל משרדו כי פעלו תוך ניגוד עניינים חריף במכרז לבניית בית מבקר המדינה החדש.
בגלי צה"ל דווח, כי הסמנכ"ל, שמואל יונס, טען כי המבקר מצוי בניגוד עניינים בכל הנוגע לחברה הקבלנית שזכתה במכרז.
בתכתובת נוקבת בין הצדדים העלה יונס ציטוטים המשויכים לכאורה לאחד ממנהלי החברה הזוכה, ומהם נגזר שקיים קשר חברי בין המבקר לבין אותו מנהל.
עוד טען יונס כי העובדה שהזוכה במכרז חולקת בעלות על חברת בת עם החברה הפועלת כמפקחת על הפרויקט מטעם המדינה מהווה ניגוד עניינים. יונס אף איים לפנות ליעוץ משפטי חיצוני אם טענותיו לא יבדקו על ידי הייעוץ המשפטי של משרד המבקר.
מבקר המדינה מצדו הדף את טענות יונס, ואמר שההיכרות היחידה עם בעלי החברה הייתה מייצוג שלהם לפני כ-20 שנה. במכתב שמיען לו לפני כשבוע טען שפירא כי מדובר בעובד הידוע ככזה שמפריע את העבודה התקינה של המשרד והוסיף שנטען לגביו מצד עובדי המשרד האחרים שמדובר באדם "שקרן" ובכזה שעלול להקליט שיחות עמו בניגוד לכללי המשמעת.
בעקבות המחלוקת, החליט מנכ"ל המשרד להדיר מטיפול בנושא את הבכיר, הסמנכ"ל לענייני מנהל במשרד, שמואל יונס. אולם יונס סירב להפסיק את מעורבותו והודיע למבקר המדינה ומנכ"ל משרדו כי אין בסמכותם להדיחו.
דובר משרד מבקר המדינה סירב להגיב לדיווח בגלי צה"ל וכך גם סמנכ"ל המנהל, שמואל יונס.
מאיר גלבוע, לשעבר יועץ בכיר במשרד מבקר המדינה, אמר בראיון לגלי צה"ל, כי "הגיע הזמן שלמשרד מבקר המדינה תהיה ביקורת אמתית. כשהכל נמצא בתוך המשפחה, לפעמים נולדים ילדים מפגרים".
עם זאת, הוא הוסיף כי "שמואל יונס הוא כבר שנים הילד הרע של משרד מבקר המדינה, ולא במובן הטוב. הוא עושה הכל כדי לשים מקלות בגלגלים של מנהלים ומנכ"לים. הוא יעשה את הכול כדי להאדיר את הכוח שלו עצמו". הוא הגיב גם לטענתו של יונס לפיה אין יכולים המבקר והמנכ"ל להדיח אותו ואמר כי "זו לא הדחה מהתפקיד, ולכן יש להם סמכות ליטול ממנו סמכויות".